問題タブ [ncbi]

私はUIを構築しました。これは、BioProcess /Disease->Genesの検索エンジンのようなものです。たとえば、ユーザーは「幹細胞」または「脳腫瘍」とクエリを実行できます。その結果、50〜5000個のGeneIDが得られます（基本的に、これらはNCBIデータベースで一意の遺伝子を表す番号です）。

その無料、あなたはで試すことができます：http: //proteogenomics.musc.edu/genemesh/

さて、問題は、それらのGeneIDをNCBIサイトに一度に気に入っていることです。最大200または400のGeneIDの場合、問題のない結果を得ることができます。しかし、500を超えるGeneIDの場合、「URI TOO LARGE」エラーが発生するか、NCBIWebサイトが巨大なクエリを受け入れることができません。私はこの問題を解決しようとしています。

Javascript、OnClickはUNIX / tmpファイルにファイルを書き込むことができますか？またはこれに対するより良い解決策はありますか？

どんなヘルプ/ガイドラインもこの時点で素晴らしいです...

よろしくお願いします、サウリン

URLが長すぎます：

http://view.ncbi.nlm.nih.gov/gene/30980,31208,31442,31789,32083,32855,33156,33392,33498,34309,35197,35974,36057,38545,38701,42945,43162、 43256,43288,43739,44900,45339,45775,3772082,260437,393632,406845,379537,379620,399306,100037057,100037058,100037249,10,40,43,60,104,133,174,182,185,186,187,197,207,208,210,238,240,269,284,285,317,324,328,332,335,351,355,356,358,361,366,379,387,388,396,429,462,466,472,482,558,567,573,575,576,577,581,595,596,598,604,648,650,664,672,673,675,706,712,754,761,768,771,800,836,841,842,847,857,860,875,885,889,890,891,902,960,970,978,983,999,1000,1018,1019,1021,1025、 1026,1027,1029,1030,1031,1051,1082,1111,1116,1124,1131,1152,1231,1234,1272,1282,1284,1285,1286,1287,1288,1316,1432,1457,1459、 1462,1464,1471,1474,1485,1490,1493,1499,1508,1512,1520,1543,1545,1571,1594,1600,1605,1612,1620,1622,1630,1633,1638,1641,1643、 1649,1728、1755、1756、1803、1809、1814、1839、1854、1869、1909、1910、1942、1950、1956、1969、2012、2013、2014、2019、2020、2022、2034、2035、2044、2045、2046、 2048,2050,2051,2052,2064,2066,2067,2068,2071,2100,2149,2166,2173,2246,2247,2250,2251,2254,2260,2263,2264,2272,2289,2290,2305、 2308,2309,2321,2335,2475,2542,2547,2574,2579,2621,2627,2670,2734,2735,2736,2737,2738,2740,2849,2890,2896,2901,2908,2925,2932、 2936,2939,2944,2947,2950,2952,2956,3073,3074,3082,3090,3091,3104,3105,3106,3115,3122,3123,3146,3161,3162,3181,3191,3215,3240、 3265,3309,3315,3324,3371,3373,3383,3384,3397,3398,3417,3479,3480,3481,3482,3485,3486,3487,3491,3553,3558,3561,3565,3566,3569、 3574,3575,3596,3597,3598,3603,3611,3621,3630,3632,3645,3672,3685,3688,3717,3732,3738,3741,3766,3785,3791,3814,3815,3845,3897、 3910,3912,3913,3915,3918,3925,3945,3956,3958,3981,3987,4035,4087,4088,4089,4133,4137,4145,4147,4152,4155,4172、4175,4192,4193,4194,4241,4255,4267,4288,4292,4303,4312,4313,4314,4316,4318,4320,4321,4323,4327,4350,4436,4440,4524,4548,4549、 4552,4574,4601,4609,4654,4684,4691,4735,4745,4763,4771,4790,4804,4807,4808,4829,4830,4843,4851,4856,4893,4907,4914,4915,4916、 4950,4978,4982,5015,5028,5030,5054,5080,5111,5118,5154,5155,5156,5159,5178,5241,5243,5266,5274,5276,5290,5294,5295,5328,5329、 5334,5340,5395,5444,5468,5536,5538,5563,5566,5578,5579,5580,5581,5583,5584,5591,5594,5595,5599,5602,5629,5653,5663,5702,5708、 5713,5725,5727,5728,5730,5743,5745,5747,5764,5781,5803,5805,5834,5835,5879,5880,5881,5888,5894,5898,5899,5900,5915,5921,5925、 5934,5970,5978,5981,5992,6048,6091,6118,6165,6195,6275,6278,6284,6347,6382,6387,6​​416,6464,6469,6490,6502,6506,6507,6513,6598、 6606,6608,6622,6647,6648,6649,6657,6659,6660,6662,6663,6664,6667,6670,6678,6695,6697,6714,6717,6770,6772,6774、6790,6853,6855,6863,6892,6900,6948,7012,7013,7015,7018,7020,7025,7040,7042,7054,7057,7076,7078,7105,7124,7153,7157,7161,7168、 7175,7185,7186,7248,7249,7258,7262,7276,7277,7283,7298,7422,7428,7431,7442,7447,7468,7474,7490,7508,7515,7517,7518,7520,7525、 7545,7799,7849,7852,7980,8028,8038,8061,8089,8140,8190,8301,8372,8484,8507,8577,8605,8650,8678,8682,8692,8718,8737,8741,8742、 8743,8745,8754,8771,8772,8788,8795,8797,8811,8828,8829,8841,8842,8848,8851,8862,8871,8877,8928,8930,9077,9100,9113,9141,9148、 9156,9173,9211,9212,9232,9334,9353,9423,9429,9444,9445,9447,9459,9507,9518,9535,9545,9588,9681,9806,9833,9844,9961,10036,10135、 10209,10215,10313,10362,10371,10381,10401,10472,10512,10530,10572,10620,10630,10642,10743,10763,10776,10855,10893,10991,11009,11010,11013,11065,11093、 11095、11096、11141、11156、11162、11186、11191、11200、11235、11284、22865、22933、22943、23136,23152,23162,23209,23261,23308,23336,23435,23469,23627,23654,23705,25776,25792,25855,26013,26038,26050,26136,26256,26471,26524,27122,28514,29103、 29108,29126,29997,29998,30001,50618,50859,50943,51050,51147,51199,51213,51230,51305,51330,51335,51438,51637,51668,51747,51763,53358,53615,53616,54106、 54828,55210,55294,55553,55717,55752,55760,55859,56647,56920,57124,57142,57447,57448,57670,60672,63827,64101,64386,64710,64805,65065,79659,79682,79944、 80309,80332,80381,80781,81557,83483,83605,83667,83858,84148,84189,84280,84504,84525,84631,84654,84707,84708,91419,92140,112755,114798,116448,116986,121227、 129787,139065,140885,146691,146956,160728,162979,163732,200895,253260,253738,259266,284217,284459,286527,338030,342945,375790,399473,406907,406991,407043,646555,728239,100133941、 403412,396562,396783,751862,100125840,100125841,282862,100008679,11539,11545、11601,11622,11629,11651,11731,11783,11789,11799,11829,11920,11932,12028,12035,12140,12151,12211,12307,12308,12344,12389,12390,12505,12519,12554,12575、 12578,12606,12767,12945,13003,13051,13176,13193,13197,13555,13730,13731,13732,13846,13866,14080,14102,14164,14254,14360,14397,14580,14609,14632,14633、 14634,14714,14751,14825,14829,14910,15160,15218,15251,15413,15442,15529,15901,16153,16483,16542,16653,16765,16847,17125,17196,17246,17390,17395,17869、 17920,18008,18015,18016,18040,18071,18072,18125,18128,18133,18208,18386,18507,18591,18595,18616,18708,18787,18792,18793,18996,18997,19090,19118,19122、 19206,19211,19227,19247,19373,19377,19531,19557,19645,19650,19651,20423,20511,20713,20720,20848,20849,20852,20981,21333,21367,21375,21687,21826,21846、 21948,22059,22339,22596,22612,23796,26362,26413,26417,26434,30878,30957,50490,50913,50914,54725,55992,56458、56717,60609,64930,66395,66471,67903,71722,74318,75409,76965,79401,81897,83485,107831,110105,110122,111364,111519,170756,192198,210933,211323,216225,218397,230775、 232286,239250,245446,245450,269608,386750,24248,24329,24338,24387,24392,24464,24482,24498,24615,24835,24842,24929,25026,25112,25124,25125,25163,25240,25264、 25265,25404,25408,25425,25445,25491,25496,25550,25589,25617,25621,25647,25712,29290,29386,29527,29543,29597,29665,50557,50577,50658,50689,54250,54251、 59086,64157,64803,65054,81649,81651,81686,83425,83476,83497,83785,84114,84353,84357,84394,84577,84578,89804,89805,89807,114122,114851,116554,116590,116996、 117273,170568,192248,292994,297893,306464,308435,338474,360457,362317,369119,2828259,155871,156110,908122,4981003,4981004,4981005,4981006,4981007,4981008,4981009,4981010,4981011,4981012、 4981013,4981014,4981015,4981016,4981017,4981018、4981019,4981020,4981021,4981022,4981023,4981024,4981025,4981026,4981027,4981028,4981029,4981030,4981031,4981032,4981033,4981034,4981035,4981036,4981037,4981038,4981039,4981040,4981041,4981042,4981043、 4981045,4981046,4981047,4981048,4981049,4981050,4981051,4981052,4981053,4981054,4981055,4981056,4981057,4981058,4981059,4981060,4981061,4981062,4981063,4981064,4981065,4981066,4981067,4981068,4981069、 4981070,4981071,4981072,4981073,4981074,4981075,4981076,4981077,4981078,4981079,4981080,4981081,4981082,4981083,4981084,4981085,4981086,4981087,4981088,4981089,4981090,4981091,4981092,4981093,4981094、 4981095,4981096,4981097,4981098,4981099,4981100,4981101,4981102,4981103,4981104,4981105,4981106,4981107,4981108,4981109,4981110,4981111,4981112,4981113,4981115,4981116,4981117,4981118,4981119,4981120、 4981121,4981125,4981126,4981128,4981129,4981130,49811314981132,4981133,4981134,4981135,4981136,4981137,4981138,4981139,4981140,4981141,4981142,4981143,4981144,4981145,4981146,4981147,4981148,4981149,4981150,4981151,4981152,4981153,4981154,4981155,4981157、 4981158,4981159,4981160,4981161,4981162,4981163,4981164,4981165,4981166,4981167,4981168,4981169,4981170,4981171,4981172,4981173,4981174,4981175,4981176,4981177,4981178,4981179,4981180,4981181,4981182、 4981183,4981184,4981185,4981186,4981187,4981188,4981189,4981190,4981191,4981192,4981193,4981194,4981195,4981196,4981197,4981198,4981199,4981200,4981201,4981202,4981203,4981204,4981205,4981206,4981207、 4981208,4981209,4981210,4981211,4981212,4981213,4981214,4981215,4981216,4981217,4981218,4981219,4981220,4981221,4981222,4981223,4981224,4981225,4981226,4981227,4981228,4981229,4981230,4981231,4981232、 4981233,4981234,4981235,4981236,4981237,4981238,4981239、4981240,4981241,4981242,4981243,4981244,4981245,4981246,4981247,4981248,4981249,4981250,4981251,4981252,4981253,4981254,4981255,4981256,4981257,4981258,4981259,4981260,4981261,4981262,4981263,4981264、 4981265,4981266,4981267,4981268,4981269,4981270,4981271,944996,946069

NCBI C++ Toolkitアプリケーションでバージョン番号を設定するにはどうすればよいですか?

パラメータ -version でプログラムを起動したときに表示されるバージョン番号を意味します。

ドキュメントを読みましたが、まだ見つかりません。

（これは非常に具体的な質問であることは知っていますが、試してみる価値があると思いました）

NCBI xml BLAST ファイルから最初のヒットのみを抽出しようとしています。次は最初の HSP だけを取得したいと思います。最終段階では、最高のスコアに基づいてこれらを取得したいと思います。ここで物事を明確にするために、xml ファイルのサンプルを示します。

基本的に、クエリ検索ごとに Iteration 要素が作成されます。各反復には複数のヒットがあり、複数の HSP がある場合があります。最初のヒットだけを取得したいのですが、それは各反復の最初の HSP です。BLAST でヒットが見つからない場合は、反復を無視したいと思います。この簡単なコードを作成しました：

どんな助けでも大歓迎です！

次のようにdownloadURL関数を使用して次のURLを取得しようとしています。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/27884304

しかし、データはブラウザで表示できるものではありません。正しい情報（ブラウザの種類など）が必要なためです。設定する必要のある情報の種類と、それを設定するにはどうすればよいですか？（setHeader関数または他の方法で??）

VC ++では、CInternetSessionとCHttpConnection Objectを使用して、他の詳細情報を設定せずに正しいデータを取得できます。Qtまたは他のクロスプラットフォームC ++ネットワークライブラリに同様の方法はありますか？（はい、クロスプラットフォームプロパティが必要です。）

VCによって、これを行うことができ、正しいデータがCHttpFileにあります。

遺伝子名と染色体位置を含むgene_infoファイルを見つけようとしています。しかし、NCBIFTPサイトで見つけることができないようです。誰かが私にポインタを与えることができますか？

更新: 回答のリンクは興味深く便利ですが、残念ながら Java API の必要性に対応していないため、引き続きご意見をお待ちしております。

化合物のデータベースを構築しています。すべての類義語 (IUPAC および一般名) とそれぞれの安全性データが必要です。
PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) で自由に入手できるデータを使用します。

単純な HTTP get を使用して各化合物を照会する簡単な方法があります。たとえば、グリセロール データを取得する場合の URL は次のとおりです。

次の URL は、解析しやすい形式を返します。

しかし、それは非常に基本的な情報のみを応答し、安全性データといくつかの一般的な名前を欠いています.

Scripps のグループによって開発された、非常に完全な Java 用のパブリック ドメイン API が 1 つあります ( citation )。コードはこちらです。

残念ながら、この API は十分に文書化されておらず、関連するデータが複雑なため、理解するのが非常に困難です。私が収集したものでは、pubchemdb はPubChem Power User Gateway (PUG) XML APIを使用しています。

誰かがこの API (または他の利用可能なもの) を使用しましたか? それを始める方法についての簡単な説明またはチュートリアルをいただければ幸いです。

BLAST 結果の上位 10 シーケンスを取得したい (シーケンスのみ、アライメント、スコア、e 値などなし)。5 つの fasta ファイルを含むテキスト ファイルを入力しています。したがって、出力は各 fasta ファイルの上位 10 件のブラスト ヒットになるはずです。したがって、出力ファイルには 50 のシーケンスが含まれます。

Bio.SeqIO を介して各入力 fasta ファイルを読み取り、temp.faa として書き込み、サブプロセスを介してコマンドライン BLAST に次のように渡します。

出力には他にも多くの情報があります。この出力を今解析する必要がありますか、それとももっと良い方法があります。

ありがとう

PS XML は 1 つの方法かもしれませんが、関連する NCBIXML パーサー構文が見つかりませんでした。

SimpleXML を使用して NCBI BLAST XML 出力を読み取ろうとしていますが、一部の出力にはアクセスできますが、他のビットにはアクセスできません。

XML の関連部分を次に示します (読みやすくするために一部の無関係なセグメントを省略しています)。

そして、これが私のコードです（注： $output 変数の設定/使用で愚かな間違いを犯していないことを確認するために、 $qdef と $qlen は異なる方法で到達します）：

出力は次のとおりです。

Iteration_query-def と Iteration_query-len の周りの {''} を削除すると、それらは整数として扱われ、両方に対してゼロが返されます。

私は何か間違ったことをしていますか？BlastOutput_program ビットと他の 2 つの変数の間の {''} 以外に、私が別の方法で行っていることを理解できません。ただし、{''} を BlastOutput_program に追加しても、問題なく動作し、正しい出力が生成されます。どうしたんだ？

更新: 次のように xpath を使用して動作します。

しかし、それが唯一の方法なのか、それとも上記のように行う方法があるのか​​ を知りたいです。

ここに記載されている SOAP サービスを処理するファイルを生成しようとしています: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/

しかし wsimport は失敗します:

しかし、私がテストした WSDL バリデーターではエラーは表示されませんでした ( http://xmethods.net/ve2/Tools.po、http://www.validwsdl.com/ ...)。

この問題を解決するにはどうすればよいですか?

ありがとう、

ncbi apiを介してpmc-ids（pubmed中央ID）をpmid（pubmed id）に変換することは可能ですか？Webフォームからもできますが、プログラムを使いたいのですが、もちろんいつでもスクリーンスクレイパーを書くことができます...ありがとう