あなたは本当にできません。現在の HEAD コミットがファイルを追跡し、それが含まれている場合、後続のコミットには含まれていない場合、Git はファイルを削除することでこの違いを適用します。これは履歴で起こったことだからです。ファイルを保存したい場合は、新しいバージョンをチェックアウトする前に一時的に名前を変更して、Git がファイルを削除しないようにするか、git checkout oldcommit -- config.file.
ファイルの役割は、.gitignoreリポジトリで何かが追加または削除されるのを防ぐことではありません。追跡されていないファイルを検出する Git のメカニズムに影響を与えるだけです。たとえば、無視された (しかし追跡されていない!) ファイルをgit status. ただし、リポジトリからファイルを明示的に追加または削除することを妨げるものではありません。
.gitignoreつまり、リポジトリからファイルを削除するために行を削除する必要はありませんでした。追跡を解除するために使用できgit rm --cached config.fileたはずです。ファイルを物理的に削除せず、gitignore に触れることもありません。