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自動化されたスクリプトを使用して、標準化（元の値から平均を差し引き、標準偏差で除算）を実行しようとしています。10000行のファイルがあります。最初に各列の平均と標準偏差を計算する必要があり、次にそれらの値を使用して、新しい標準化された値を取得する必要があります。これはExcelで非常に簡単に実行できます。しかし、自動化されたスクリプトを探しています。

入力

DOTR1   10.29006    10.06744    10.47105    10.05041    10.18407    9.770205    10.90548    10.75112
RCC2    6.699481    7.240353    7.263434    6.654058    6.86063 7.151931    6.796337    6.78525
HHPA6   7.31182 7.547056    8.338827    7.278408    7.545548    7.409964    7.149899    7.300342
PAX8    8.336847    8.651292    8.493323    8.5056  8.445139    8.651406    8.664237    8.56571
ACA1A   4.233111    4.320666    4.232803    4.390224    4.269969    4.314899    4.264211    4.142419
UBA7    8.196608    8.164725    7.361889    8.055019    8.882745    7.6884  7.835754    8.354209
OOA 5.098222    5.212986    5.301191    5.211401    5.13133 5.153725    5.269111    5.195991
ACX1    4.875679    5.01305 4.921618    4.930978    4.899562    4.92918 4.970339    4.986362

列1の平均は6.880で、標準偏差は2.066です。

ここで、観測値から平均を減算し、stdevで除算して（10.29006-6.880）/2.066にします。これは、列1の行ごとの後続のすべての観測で行います。列2についても、その平均と対応する標準偏差を見つけて、同じ手順に従います。

ありがとう、

次のコードを試してavgとstdevを取得しました。次のステップに進むのに行き詰まります。

sub average{
    my($data) = @_;
    if (not @$data) {
            die("Empty array\n");
    }
    my $total = 0;
    foreach (@$data) {
            $total += $_;
    }
    my $average = $total / @$data;
    return $average;
}
 sub stdev{
    my($data) = @_;
    if(@$data == 1){
            return 0;
    }
    my $average = &average($data);
    my $sqtotal = 0;
    foreach(@$data) {
            $sqtotal += ($average-$_) ** 2;
    }
    my $std = ($sqtotal / (@$data-1)) ** 0.5;
    return $std;
}
4

2 に答える 2

0

配列の配列を使用してテーブルを表すだけです。表を列ごとに調べ、平均値と標準偏差を取得してから、列の各値を置き換えます。

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

open my $IN, '<', 'input' or die $!;

my @table;

while (<$IN>) {
    $table[$. - 1] = [ split ];
}

for my $column (1 .. $#{ $table[0] }) {

    my $total = 0;
    $total   += $_ for map $table[$_][$column], 0 .. $#table;
    my $mean  = $total / @table;

    my $sqtot = 0;
    $sqtot   += ($mean - $_) ** 2 for map $table[$_][$column], 0 .. $#table;
    my $stdev = ($sqtot / $#table) ** 0.5;

    $table[$_][$column] = ($table[$_][$column] - $mean) / $stdev for 0 .. $#table;
}

$\ = "\n";
for my $line (@table) {
    print join "\t", @$line;
}
于 2013-01-30T21:41:30.293 に答える
0

チョロバほど単純ではありませんが、思いついた解決策を投稿すると思いました。Statistics::Descriptiveを使用します。

更新：まあ、あまり良い解決策ではありません-解決策に1つしか必要ない場合に3つの配列を作成します。この解決策は無視してください。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Statistics::Descriptive;

my @data = map [split], <DATA>;

my @transpose = transpose(@data);
my @stats;

for my $row (@transpose[1.. $#transpose]) {
    my $stat = Statistics::Descriptive::Full->new;
    $stat->add_data($row);
    push @stats, [$stat->mean, $stat->standard_deviation];
}

my @new;

for my $r (0 .. $#data) {
    my @tmp;
    for my $c (1 .. $#{$data[$r]}) {
        push @tmp, ($data[$r][$c] - $stats[$c-1][0]) / $stats[$c-1][1];
    }
    push @new, [$data[$r][0], map {sprintf "%.3f", $_} @tmp];
}

# output loop
for my $row (@new) {
    print join("\t", @$row), "\n";  
}

sub transpose {
    my @array = @_;

    my @trans;
    for my $i (0 .. $#array) {
        for my $j (0 .. $#{$array[$i]}) {
            $trans[$j][$i] = $array[$i][$j];    
        }   
    }
    return @trans;
}

__DATA__
DOTR1   10.29006    10.06744    10.47105    10.05041    10.18407    9.770205    10.90548    10.75112
RCC2    6.699481    7.240353    7.263434    6.654058    6.86063 7.151931    6.796337    6.78525
HHPA6   7.31182 7.547056    8.338827    7.278408    7.545548    7.409964    7.149899    7.300342
PAX8    8.336847    8.651292    8.493323    8.5056  8.445139    8.651406    8.664237    8.56571
ACA1A   4.233111    4.320666    4.232803    4.390224    4.269969    4.314899    4.264211    4.142419
UBA7    8.196608    8.164725    7.361889    8.055019    8.882745    7.6884  7.835754    8.354209
OOA 5.098222    5.212986    5.301191    5.211401    5.13133 5.153725    5.269111    5.195991
ACX1    4.875679    5.01305 4.921618    4.930978    4.899562    4.92918 4.970339    4.986362

プリントアウト:

C:\Old_Data\perlp>perl t33.pl
DOTR1   1.650   1.516   1.624   1.610   1.490   1.502   1.797   1.698
RCC2    -0.087  0.106   0.102   -0.117  -0.079  0.140   -0.085  -0.102
HHPA6   0.209   0.259   0.612   0.200   0.245   0.274   0.077   0.132
PAX8    0.705   0.810   0.686   0.824   0.669   0.920   0.770   0.706
ACA1A   -1.281  -1.349  -1.335  -1.268  -1.301  -1.336  -1.244  -1.302
UBA7    0.637   0.567   0.149   0.595   0.875   0.419   0.391   0.610
OOA     -0.862  -0.904  -0.829  -0.851  -0.895  -0.900  -0.784  -0.824
ACX1    -0.970  -1.004  -1.009  -0.993  -1.004  -1.017  -0.921  -0.919
于 2013-01-30T23:08:58.547 に答える