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いくつかの遺伝子発現データのヒートマップを作成しようとしています。現在、視覚化したいデータは式セットのデータ型で保存されていますが、サンプルが正しくグループ化されていません。つまり、対照サンプルと実験サンプルはグループ化されません。簡略化されたワークフローは次のとおりです。

output <- //analysis of raw data eset
someGenes <- eset [output$Table1, ]
heatmap(exprs(someGenes))

基本的に、プロットする前にesetのサンプルを再配置したいと思います。サンプル名を「列」として扱おうとしましたが、eset 内での位置を変更できませんでした。私はRにまったく慣れていないので、あらゆる助けをいただければ幸いです。

参照用の式セットのデータ型へのリンクは次のとおりです: http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/Biobase/html/class.ExpressionSet.html

どうもありがとう。

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再現可能な例として、Biobase とサンプル データを読み込みます。

library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)

次に、私たちが持っているものを見てみましょう:

> sample.ExpressionSet
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 500 features, 26 samples 
  element names: exprs, se.exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: A B ... Z (26 total)
  varLabels: sex type score
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: hgu95av2

たとえば、現在の sampleNames のシャッフルからsampleNames列インデックスを作成することにより、インデックスまたは を使用して、ExpressionSet をマトリックスのようにサブセット化できます。cidx

cidx = sample(sampleNames(sample.ExpressionSet))

cidx は単なる文字ベクトルです。そして、列を並べ替えます

> sample.ExpressionSet[, cidx]
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 500 features, 26 samples 
  element names: exprs, se.exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: Q C ... B (26 total)
  varLabels: sex type score
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: hgu95av2

したがって、プロットする前に列を並べ替えました。ただし、デフォルトでは、ヒートマップはサンプル間の「距離」に基づいてサンプルをクラスター化します。したがって、サンプルの順序を変更しても、ヒートマップは同じ距離を計算し、同じヒートマップをプロットします。image、または引数を提供するか(Colvを参照?heatmap)、gplots パッケージで heatmap.2 を使用するか、または...

于 2013-01-31T04:46:02.287 に答える