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AWSEC2クラスターのRの並列で分析を実行しようとしています。私はstarclusterを使用してEC2クラスターをセットアップおよび管理してsnowおり foreach、Rで使用しようとしています。最初に、クラスターに2つのノード、1つのマスターと1つのワーカーがあります。

starcluster start mycluster 
starcluster listinstances

-----------------------------------------
mycluster (security group: @sc-mycluster)
-----------------------------------------
....
Cluster nodes:
     master running i-xxxxxxxxx masterIP.compute-1.amazonaws.com
    node001 running i-xxxxxxxxx node001IP.compute-1.amazonaws.com
Total nodes: 2

starcluster sshmaster mycluster

次に、Rを起動してsnowパッケージをロードし、クラスターオブジェクトを作成してみます。

R
library("snow")

cl = makeCluster(c("masterIP.compute-1.amazonaws.com", "node001IP.compute-1.amazonaws.com"), type = "SOCK")

ただし、これにより、次のエラーメッセージが表示されます。

The authenticity of host 'masterIP.compute-1.amazonaws.com (xx.xxx.xx.xx)' can't be established.
ECDSA key fingerprint is xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added 'masterIP.compute-1.amazonaws.com,xx.xxx.xx.xx' (ECDSA) to the list of known hosts.
Permission denied (publickey).

そこで、sshキー（keyname.rsa具体的には）をEC2の.sshファイルにコピーして再試行しました。それでもうまくいきませんでした。同じ Permission denied (publickey).エラーが発生しました。スタークラスターがsshのセットアップとノード間の通信を処理していると思っていたので、なぜこれをセットアップできないのか少し混乱しています。また、node001を追加しようとしたのでcl = makeCluster(c("node001IP.compute-1.amazonaws.com"), type = "SOCK")、同じエラーが発生します。

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多くの調整を行った後、必要なのはRバージョン2.15へのアップデートだけであることが判明しました。その後、コマンドcl = makeCluster(c("masterIP.compute-1.amazonaws.com", "node001IP.compute-1.amazonaws.com"), type = "SOCK")は完全に機能しました。

于 2013-02-04T06:45:39.173 に答える