2 つのオブジェクト間にエッジまたはリンクがあるかどうかを表す 0 と 1 の対称的だがまばらなマトリックス、つまり隣接マトリックスがあります。R のクラスター パッケージでコマンド PAM を使用しようとしています。これには、非類似度行列 (特に、この行列の上三角) または距離が必要です。
以下に代表的な行列を示します（ただし、私の行列にはさらに多くのエッジとノードがあり、この行列とは異なり、実際には疎です）。
0 1 0 0
1 0 0 0
0 0 0 1
0 0 1 0
マトリックスの上三角バージョンが必要です。つまり、このマトリックスを取得する必要があります。私の問題は、少なくとも行列が特異であるため、通常の LU 分解やコレスキー分解などの行列コマンドが機能しないことです。
これは、64 * 64 疎行列を試したときに表示されたエラー メッセージです。
Warning message:
In .local(x, ...) :
Exact singularity detected during LU decomposition: U[i,i]=0, i=20.
ここで、「大規模な疎行列から三角行列 R へ」など、疎行列に関するいくつかの投稿を読みました。
しかし、彼らは私が望むことを正確にしていないようです。
目的の行列を取得するためにどの R コマンドを使用する必要があるかについて、誰かがアドバイスを持っているかどうか疑問に思っています。必要に応じて、独自の機能をプログラムすることもできますが、そうするつもりはありません。