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私はこの同じコードを、プログラム全体で問題なく、異なるファイルで数回使用しています。

#if the info is part of a file
if($proteinIn =~  m/\.txt$/i){
    my $input_file = catfile('..', dataset => $proteinIn);

    open my $protein_file, '<', $input_file
        or die "couldn't open '$input_file': $!";
    while (my $protLine = <$protein_file>) {
        print $protLine."\n";
        $protLine =~ s/\s+\z//; # remove all trailing space
        $protein{$protLine} = 1;
    }
    close $protein_file;
}

これを含むファイルを読み込むとき

Q5KDZ7_CRYNJ
Q2U9C0_ASPOR
Q2U048_ASPOR
G2Q3M9_THIHA
G2QAZ2_THIHA

印刷ステートメント"print$protLine。"\n ";" 最後の行のみを印刷します。この場合：

G2QAZ2_THIHA

私のプログラムの他の例では、指定されたファイルのすべての行を読み取ります

foreach my $tempFile(@fileList){
    my $input_file = catfile('..', dataset => $tempFile);

    open my $ps_file, '<', $input_file
        or die "couldn't open '$input_file': $!";
    while (my $line = <$ps_file>) {
        $line =~ s/\s+\z//; # remove all trailing space

        my @curLine = split /\t/, $line;
<the rest of the program>

このコードで開かれるファイルには、次のような行が含まれています。

>sp|Q6GZX4|001R_FRG3G Putative transcription factor 001R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) GN=FV3-001R PE=4 SV=1 MAFSAEDVLKEYDRRRRMEALLLSLYYPNDRKLLDYKEWSPPRVQVECPKAPVEWNNPPSEKGLIVGHFSGIKYKGEKAQASEVDVNKMCCWVSKFKDAMRRYQGIQTCKIPGKVLSDLDAKIKAYNLTVEGVEGFVRYSRVTKQHVAAFLKELRHSKQYENVNLIHYILTDKRVDIQHLEKDLVKDFKALVESAHRMRQGHMINVKYILYQLLKKHGHGPDGPDILTVKTGSKGVLYDDSFRKIYTDLGWKFTPL    FRG3G

コードの最初の例がファイルの最後の行のみを出力するのはなぜですか？

編集：問題はコードの上流にあるというコメントへの応答。幸いなことに、私の問題は始まりに近づいているので、ここに問題コードの前のすべてがあります

コードを実行するときに、コマンド "perl regProt.pl" "" truePool.txt "" uniprot_sprot.dat ""fungi"を使用しました

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use File::Spec::Functions qw( catfile );

#use warnings;
#@author David Dziak

#A program for quick regex functions on uniprot data to test protein signatures
#my $max = 325783;
#my $cur = 0;
my $annotation;
my $fingerprint = $ARGV[0];
unless($fingerprint){
    $fingerprint = "[GASRK][KRVSG][RKVI][KRVI]x[ASCR]x[AST]x(0,45)[GATF]xxx[VLI]N[GKND]x(11,12)[RKL]x(16,18)[NDA]x(6)[GS]GGx(10)[AG][LIVM][GAS][KR][GASN][VLI]";#prosite s9

    #$fingerprint = "[GS]Gx(2)[GSA][QK]x(2)[SA]x(3)[GSA]x[GSTAV][KR][GSALVD][LIFV]";#prosite s9
    #$fingerprint = "[STDNQ]G[KRNQMHSI]x(6)[LIVM]x(4)[LIVMC][GSD]x(2)[LFI][GAS][DE][FYM]x(2)[ST]";#prosite s19
    #$fingerprint = "[RKHN][KSTR]X(3)[AVSCR]X(6)GXGX(0,23)X(25)GGGX(2)[GAS][QRKS]X(0,50)X(20)[APS]RX(5)[VSTA]XR";#s9
    #$fingerprint = "[GAR][RKHG][RKHNT][KSTR]X(3)[AVSCR][RASTHKQLP]X(5)[GPSTND]X[GPSTKDQ]X(4)[NDVGIT]X(0,60)G[GS]GX(2)[GSA][QRS]X(0,70)[QTRA][FWYETK][STAVH][KY][RK]";#s9
    #$fingerprint = "[RGWCKT]X(5)PX(3)[GARDENS]X(4)[VIL][HYF]XGX(7)[LIVMP]X(7)x[LFI][GASR][DEA][FYME]";#s19
}
$annotation .= $fingerprint;
#protein name to search
my $proteinIn = $ARGV[1];
my %protein;
#if the info is part of a file
if($proteinIn =~  m/\.txt$/i){
    my $input_file = catfile('..', dataset => $proteinIn);
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何らかの理由で、ファイルの行が。ではなく、で区切られていることは間違い\rありません\n。

一番上に置いてみてください：

use Data::Dumper;
$Data::Dumper::Useqq=1;

印刷を次のように置き換えます。

print Data::Dumper::Dumper($protLine);
于 2013-02-14T19:04:31.047 に答える