サーバーでBLASTの実行時間をベンチマークしたいので、time
コマンドを開始しました。サーバーには 16 個の CPU があり、BLAST 16 スレッドを実行していました。私の分析が行われている間、他のアプリケーションが並行して実行されていた可能性があります。
出力は次のとおりです。
184255.45user 458.23system 6:37:54elapsed 773%CPU (0avgtext+0avgdata 83504272maxresident)k
294680inputs+10029344outputs (1799major+149694417minor)pagefaults 0swaps
ユーザー時間を、CPU がアプリケーションの実行に費やした秒数として解釈すると、合計時間よりも長くなります。時間を %CPU で割るべきだと人々が言うのを見てきましたが、3 分しか得られず、BLAST とそれに入れたサイズの入力には非現実的です。
必要な情報はユーザー時間ですが、それを解釈する方法がわかりません。
結果の解釈について何か提案はありますか?