0

ngchのインストール中にgccfailedエラーが発生します:https ://github.com/seandavi/ngCGH easy_installでも同じエラーが発生し、Windowsを使用しています。

Running pysam-0.7.4\setup.py -q bdist_egg --dist-dir c:\users\sam\appdata\lo
cal\temp\easy_install-ilqggk\pysam-0.7.4\egg-dist-tmp-rolwff
In file included from pysam\csamtools.c:241:
samtools/razf.h:38:18: error: zlib.h: No such file or directory
In file included from pysam\csamtools.c:241:
samtools/razf.h:91: error: expected specifier-qualifier-list before 'z_stream'
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_7Samfile_10fetch':
pysam\csamtools.c:9814: warning: passing argument 7 of 'bam_fetch' from incompatible  
pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_7Samfile_11mate':
pysam\csamtools.c:10254: warning: passing argument 7 of 'bam_fetch' from incompa
tible pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_7Samfile_12count':
pysam\csamtools.c:10730: warning: passing argument 7 of 'bam_fetch' from incompa
tible pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_7Samfile_13pileup':
pysam\csamtools.c:11148: warning: passing argument 7 of 'bam_fetch' from incompa
tible pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_f_9csamtools___advance_snpcalls':
pysam\csamtools.c:17424: warning: implicit declaration of function 'bam_prob_rea
ln'
pysam\csamtools.c:17452: warning: implicit declaration of function 'bam_cap_mapQ
'
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_20IteratorColumnRegion_1__ne
xt__':
pysam\csamtools.c:18907: warning: passing argument 1 of '__pyx_f_9csamtools_make
PileupProxy' from incompatible pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__pyx_pf_9csamtools_21IteratorColumnAllRefs_1__n
ext__':
pysam\csamtools.c:19134: warning: passing argument 1 of '__pyx_f_9csamtools_make
PileupProxy' from incompatible pointer type
pysam\csamtools.c: In function '__Pyx_InitGlobals':
pysam\csamtools.c:38587: warning: this decimal constant is unsigned only in ISO
C90
error: Setup script exited with error: command 'gcc' failed with exit status 1

誰かがこのエラーを解決する方法を教えてもらえますか?

4

1 に答える 1

0

zlib-dev がないためにコンパイルに失敗するのは、おそらく pysam です。つまり、Ubuntuで私が行った前にインストールしてみてください: sudo apt-get install zlib1g-dev

フェドラの場合、試すことができます:
yum install zlib-devel

窓はわからないけど…

于 2014-10-27T16:26:28.707 に答える