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pvalue私は最近、この論文「ネットワーク分析を使用して土壌微生物群集の共起パターンを調査する」で採用されている共起分析の計算に、ヌルモデル法の下でチェッカーボードスコアを追跡したいと思います。

残念ながら、ビーガンパッケージのコマンドと引数の使用法はこの論文では十分に説明されていませんでした。

ヌルモデルでのチェッカーボードスコアに基づいてこのような共起分析を行うには、Rにビーガンパッケージの専門家が必要だと思います。

Rのヌルモデルの下でCスコアを計算するために使用する必要があるスクリプトまたはコマンドと引数を手伝ってくれる人はいますか？

このCスコアのことでpvalue、共起を示すために使用できるマトリックスが返されますか？

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これであなたの質問に答えることができると思います：

library(vegan)

library(bipartite)

null.model <- oecosimu(species, bipartite::C.score, "swap", burnin=100, thin=10, statistic="evals", nsimul=10000) #where species is you species by sites matrix

print(null.model)
于 2013-03-04T11:39:10.900 に答える
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これにより、Cスコアをすばやく見積もることができます。

library(vegan)
library(bipartite)
C.score(species, normalise=T, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesN
C.score(species, normalise=F, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesS
cscore.speciesN
cscore.speciesS
于 2013-03-19T17:50:54.597 に答える