入力ストリームではなくエラーストリームで次のコマンドの出力を取得しています
Runtime rt = Runtime.getRuntime();
ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(new String[]{"cmd.exe","/c","java -version"});
Process pr = builder.start();
BufferedReader input = new BufferedReader(new InputStreamReader(pr.getErrorStream()));
String line=input.readLine();
System.out.println(line);
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