さまざまな強度を整理できるように、データをクラスター化しようとしています。以下のグラフから、2 つの異なるグループを見ることができます。このような他のプロットはそれほど簡単に区別できないため、クラスター推定による k-means が良い方法だと思いました。そのため、パッケージから関数 pamkCBI を使用しておりfpc(基本的には pamk と同じで、出力が使いやすいことがわかっています)、データ (以下も) をクラスター化しようとしています。私が抱えている問題は、データが x 軸に沿ってクラスター化されていることです。これにより、一方のセットにトップ ピークがあり、もう一方のセットにロー ピークがある 2 つのクラスターが生成されます。V1-V8 ラインを区別するために必要です。列と行を転置してy軸に沿ってクラスター化するだけだと思っていましたが、次のエラーが発生します。
Error in summary(silhouette(clustering[ss[[i]]], dx))$avg.width :
$ operator is invalid for atomic vectors
これができる方法がなければなりません。別のパッケージ (別のプログラムや別のクラスタリング手法であっても) を使用して、誰かが提案やこれを行う別の方法を持っている場合は、感謝します。長い質問で申し訳ありません。
library(flexmix)
library(fpc)
cluster <- pamkCBI(mt,krange=1:100,criterion="multiasw", usepam=FALSE,
scaling=FALSE, diss=FALSE,
critout=FALSE, ns=10, seed=NULL)
