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Mac OS X にカフスボタンを取り付けています。手順は次のとおりです。

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

[SAM ツールのインストール] の下で、以下の手順に従います

  1. SAM ツールをダウンロードする
  2. SAM ツールの tarball を展開し、cd で SAM ツールのソース ディレクトリに移動します。
  3. コマンド ラインで「make」と入力して、SAM ツールをビルドします。
  4. SAM ツール バイナリ、含まれているライブラリ libbam.a、およびライブラリ ヘッダーをコピーするディレクトリを選択します。一般的な選択は /usr/local/ です。
  5. libbam.a を上記で選択したフォルダーの lib/ ディレクトリ (例: /usr/local/lib/) にコピーします。
  6. include/ ディレクトリに「bam」というディレクトリを作成します (例: /usr/local/include/bam)。
  7. ヘッダー (.h で終わるファイル) を上記で作成した include/bam ディレクトリ (例: /usr/local/include/bam) にコピーします。
  8. samtools バイナリを PATH 内のディレクトリにコピーします。

最初の 7 つの手順を実行しましたが、最後の手順 (#8) を続行する方法がわかりません。次のコマンドを使用する必要があります。

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/

または他のディレクトリに？手順 8のPATHは何を示していますか? ありがとう！

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あなたの質問に答えるために、バイナリとその場所を理解するのに役立つ基本的な Linux の知識について説明します。

Linux では、バイナリへの完全なパスを入力してバイナリを実行でき、バイナリが実行されます。たとえば、fooinという名前のバイナリがある場合/usr/local/bin、コマンドを実行する/usr/local/bin/fooと、fooバイナリが実行されます。

PATH の目的はショートカットであるため、バイナリへの完全なパスを入力する必要はなく、バイナリの名前だけを入力する必要があります。PATH は、ショートカットを適用するバイナリがあるすべてのディレクトリを含む変数です。したがって、前の例を参照すると、/usr/local/binが PATH 変数にある場合、実行するだけで済みますfoo。

したがって、あなたの質問に答えるために、コマンドecho $PATHを実行することで PATH にあるディレクトリを知ることができます。ディレクトリの 1 つが samtools バイナリがある場所である場合は、良いです!! そうでない場合は、samtools バイナリをそれらのディレクトリの 1 つに移動して、バイナリを実行するたびにフル パスを入力する必要がないようにすることができます。

于 2013-03-20T19:48:09.813 に答える