次のhtmlを検討してください。
<html>
<title>Xyz</title>
<body>
<div>
<div class='mycls'>
<div>1 Books</div>
<div>2 Papers</div>
<div>3 Pencils</div>
</div>
</div>
<body>
</html>
$dom = new DOMDocument();
$dom->loadHTML([loaded html of remote url through curl]);
$xpath = new DOMXPath($dom);
$nodes = $xpath->query('html/body/div[@class="mycls"]');
ここまでは正常に動作しているので、次のようにノードを置き換える必要があります。
<body>
<div>
<span>
<div>1 Books</div>
<div>2 Papers</div>
<div>3 Pencils</div>
</span>
</div>
<body>