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だから私は以下のスクリプトを持っています：

def single_to_tripple(res):
    aa = {'R':'ARG','H':'HIS','K':'LYS','D':'ASP','E':'GLU','S':'SER','T':'THR','N':'ASN','Q':'GLN','C':'CYS','U':'SEC','G':'GLY','P':'PRO','A':'ALA','I':'ILE','L':'LEU','M':'MET','F':'PHE','W':'TRP','Y':'TYR','V':'VAL'}
    return(aa[res])
seq = 'ASALKDYYAIMGVKPTDDLKTIKTAYRRLARKYHPDVSKEPDAEARFKEVAEAWEVLSDEQRRAEYDQMWQHRNDPQFNRQFHHGDGQSFNAEDFDDIFSSIFGQHARQSRQRPATRGHDIEIEVAVFLEETLTEHKRTISYNLPVYNAFGMIEQEIPKTLNVKIPAGVGNGQRIRLKGQGTPGENGGPNGDLWLVIHIAPHPLFDIVGQDLEIVVPVSPWEAALGAKVTVPTLKESILLTIPPGSQAGQRLRVKGKGLVSKKQTGDLYAVLKIVMPPKPDENTAALWQQLADAQSSFDPRKDWGKA'
length = len(seq)

for i,v in enumerate(xrange(0,len(seq),13)):
    line = seq[v:v+13]
    out_line = ('{:<3} '*13).format(single_to_tripple(line[0]),single_to_tripple(line[1]),single_to_tripple(line[2]),single_to_tripple(line[3]),single_to_tripple(line[4]),single_to_tripple(line[5]),single_to_tripple(line[6]),single_to_tripple(line[7]),single_to_tripple(line[8]),single_to_tripple(line[9]),single_to_tripple(line[10]),single_to_tripple(line[11]),single_to_tripple(line[12]))
    print out_line

スクリプトを使用して、seq13要素ごとに文字列をスプライスし、スプライスされた文字列の各要素を、の1文字のコードから3文字のコードに変換していますsingle_to_tripple。データの出力には、スペースで区切られた13列が含まれている必要があります。スプライスに13個の要素が含まれていない場合、この問題は最後のスプライスで発生します。これをキャッチして、通常どおりに文字列をフォーマットするにはどうすればよいですか？

enumerate後で行番号を追加する必要があるため、forループで使用します。

私の現在のコード出力：

ALA SER ALA LEU LYS ASP TYR TYR ALA ILE MET GLY VAL 
LYS PRO THR ASP ASP LEU LYS THR ILE LYS THR ALA TYR 
ARG ARG LEU ALA ARG LYS TYR HIS PRO ASP VAL SER LYS 
GLU PRO ASP ALA GLU ALA ARG PHE LYS GLU VAL ALA GLU 
ALA TRP GLU VAL LEU SER ASP GLU GLN ARG ARG ALA GLU 
TYR ASP GLN MET TRP GLN HIS ARG ASN ASP PRO GLN PHE 
ASN ARG GLN PHE HIS HIS GLY ASP GLY GLN SER PHE ASN 
ALA GLU ASP PHE ASP ASP ILE PHE SER SER ILE PHE GLY 
GLN HIS ALA ARG GLN SER ARG GLN ARG PRO ALA THR ARG 
GLY HIS ASP ILE GLU ILE GLU VAL ALA VAL PHE LEU GLU 
GLU THR LEU THR GLU HIS LYS ARG THR ILE SER TYR ASN 
LEU PRO VAL TYR ASN ALA PHE GLY MET ILE GLU GLN GLU 
ILE PRO LYS THR LEU ASN VAL LYS ILE PRO ALA GLY VAL 
GLY ASN GLY GLN ARG ILE ARG LEU LYS GLY GLN GLY THR 
PRO GLY GLU ASN GLY GLY PRO ASN GLY ASP LEU TRP LEU 
VAL ILE HIS ILE ALA PRO HIS PRO LEU PHE ASP ILE VAL 
GLY GLN ASP LEU GLU ILE VAL VAL PRO VAL SER PRO TRP 
GLU ALA ALA LEU GLY ALA LYS VAL THR VAL PRO THR LEU 
LYS GLU SER ILE LEU LEU THR ILE PRO PRO GLY SER GLN 
ALA GLY GLN ARG LEU ARG VAL LYS GLY LYS GLY LEU VAL 
SER LYS LYS GLN THR GLY ASP LEU TYR ALA VAL LEU LYS 
ILE VAL MET PRO PRO LYS PRO ASP GLU ASN THR ALA ALA 
LEU TRP GLN GLN LEU ALA ASP ALA GLN SER SER PHE ASP 
Traceback (most recent call last):
  File "make_seq_res.py", line 10, in <module>
    out_line = ('{:<3} '*13).format(single_to_tripple(line[0]),single_to_tripple(line[1]),single_to_tripple(line[2]),single_to_tripple(line[3]),single_to_tripple(line[4]),single_to_tripple(line[5]),single_to_tripple(line[6]),single_to_tripple(line[7]),single_to_tripple(line[8]),single_to_tripple(line[9]),single_to_tripple(line[10]),single_to_tripple(line[11]),single_to_tripple(line[12]))
IndexError: string index out of range
4

3 に答える 3

3

非常に多くの変数を手動で入力しなければならなかったという事実は、その出力を生成するために必要以上のことを行っていることを示唆しているはずです。

元のコードをあまり変更せずに、次のようにすることができます。

for i,v in enumerate(xrange(0,len(seq),13)):
    line = seq[v:v+13]
    out_line = ' '.join('{:<3}'.format(single_to_tripple(part)) for part in line)
    print out_line

Martijn が指摘したように、トリプレットは常に 3 文字であるため、実際には書式設定をスキップできます。

out_line = ' '.join(single_to_tripple(part) for part in line)
于 2013-03-06T12:06:18.390 に答える
2

文字列を結合するだけでよく、フォーマットは必要ありません。

for i,v in enumerate(xrange(0,len(seq),13)):
    line = seq[v:v+13]
    print ' '.join([single_to_tripple(part) for part in line])

ここで物事を過度に複雑にする必要はありません。:-)

str.join()を使用する場合は、ジェネレーター式でリスト内包表記を使用することに注意してください(したがって、 を含めます[...]) 。とにかく.join()リストにキャストして、リスト内包表記を高速化します。

結果 (最後の 3 行):

ILE VAL MET PRO PRO LYS PRO ASP GLU ASN THR ALA ALA
LEU TRP GLN GLN LEU ALA ASP ALA GLN SER SER PHE ASP
PRO ARG LYS ASP TRP GLY LYS ALA

itertoolsベースの grouper を使用して、ループを単純化することもできます。

from itertools import izip_longest

def grouper(n, iterable, padvalue=None):
    "grouper(3, 'abcdefg', 'x') --> ('a','b','c'), ('d','e','f'), ('g','x','x')"
    return izip_longest(*[iter(iterable)]*n, fillvalue=padvalue)

aa = {'R':'ARG','H':'HIS','K':'LYS','D':'ASP','E':'GLU','S':'SER','T':'THR','N':'ASN','Q':'GLN','C':'CYS','U':'SEC','G':'GLY','P':'PRO','A':'ALA','I':'ILE','L':'LEU','M':'MET','F':'PHE','W':'TRP','Y':'TYR','V':'VAL', None: ''}
def single_to_tripple(res):
    return(aa[res])

for line in grouper(13, seq):
    print ' '.join([single_to_tripple(part) for part in line])

ここで、関数からマッピングを移動し (呼び出すたびにマッピングを定義する必要はありません)、キーを追加して関数を拡張しましsingle_to_tripple()た(グルーパーは最後のグループに値を埋め込みます)。NoneNone

于 2013-03-06T12:09:24.473 に答える
0

行の長さを保存して使用することができます：

def single_to_tripple(res):
    aa = {'R':'ARG','H':'HIS','K':'LYS','D':'ASP','E':'GLU','S':'SER','T':'THR','N':'ASN','Q':'GLN','C':'CYS','U':'SEC','G':'GLY','P':'PRO','A':'ALA','I':'ILE','L':'LEU','M':'MET','F':'PHE','W':'TRP','Y':'TYR','V':'VAL'}
    return(aa[res])

seq = 'ASALKDYYAIMGVKPTDDLKTIKTAYRRLARKYHPDVSKEPDAEARFKEVAEAWEVLSDEQRRAEYDQMWQHRNDPQFNRQFHHGDGQSFNAEDFDDIFSSIFGQHARQSRQRPATRGHDIEIEVAVFLEETLTEHKRTISYNLPVYNAFGMIEQEIPKTLNVKIPAGVGNGQRIRLKGQGTPGENGGPNGDLWLVIHIAPHPLFDIVGQDLEIVVPVSPWEAALGAKVTVPTLKESILLTIPPGSQAGQRLRVKGKGLVSKKQTGDLYAVLKIVMPPKPDENTAALWQQLADAQSSFDPRKDWGKA'
length = len(seq)

for i,v in enumerate(xrange(0,len(seq),13)):
    line = seq[v:v+13]
    length = len(line)
    out_line = ('{:<3} '*length).format(*[single_to_tripple(a) for a in line])
    print out_line
于 2013-03-06T12:08:23.380 に答える