r - igraph を使用して R で比較的大きなネットワークをプロットする

Question

2 つの質問があります。1 つ目は 2 つ目よりも複雑です。

以下にネットワークのプロットを示しますが、プロットはかなりクラスター化されており、エッジをはっきりと見ることができるようにノードをさらに広げるにはどうすればよいでしょうか。円形のプロットを試しましたが、まだクラスター化されたプロットが得られます。
ノードの名前を変更するにはどうすればよいですか? 現在のプロットでは、ノード名の前に「X」が付いています。「X」を削除するにはどうすればよいですか?

私のマトリックスでは、相互作用するノードはでマークされ1、相互作用しないノードはでマークされます0

ここに画像の説明を入力

コード：

library(igraph)

df <- as.matrix(read.table("sig_pairs_matrix_for_r.txt"))

g=graph.adjacency(df,mode="undirected",weighted=NULL,diag=FALSE) 
plot.igraph(g,vertex.label=V(g)$name)

マトリックス：

     4   6   7   8  12  13  15  17  22  23  25  26  27  29  30  31  34  35  36  43  44  47  48  52  53  56  57  59  63  66  67  70  96  99 122 166 168 172 174 176 180 181 191 192 193 220 222 224 225 226 236 249 253 256 258 266 267 277 296
  4  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
  6  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
  7  0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   1   1   0   1   1   1   0   0   0   0   0   1   0   1   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
  8  0   0   0   0   1   1   0   1   1   0   1   1   1   1   1   0   1   1   1   1   0   0   0   0   1   0   1   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
 12  0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
 13  0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
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 17  0   0   1   1   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
 22  0   0   1   1   0   0   0   1   0   0   0   0   1   1   0   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
 23  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
 25  0   0   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
 26  0   0   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
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 30  0   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
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225  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   1   0   1   0   0   0   0
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236  0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
249  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   1   0   1   0   0   0   0
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266  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   1   0   1   0   0   1   0
267  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
277  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   1   0   1   1   0   0   0
296  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0

score 2 · Accepted Answer

最初の質問については、を確認してください?igraph::layout。ノードの配置を変更する方法がいくつかあります。

2 番目の質問については、グラフは行列の行または列の名前からノードの名前を取得すると思いますがread.table、デフォルトでは、数値の有効な変数名で始まる名前を作成するために、名前に接頭辞 X を追加します (を参照make.names)。したがって、マトリックスの行名は実際には X1、X2 などです。マトリックスを次のように読み取ることで、これを回避できます。

df <- as.matrix(read.table("sig_pairs_matrix_for_r.txt",check.names=FALSE))

または、グラフを作成する前に行列の行と列の名前を変更できます。つまり、

#newnames is a vector containing the new names, such as c("a","b",...)
rownames(df)<-colnames(df)<-newnames

r - igraph を使用して R で比較的大きなネットワークをプロットする

2 に答える 2

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