確かにデータをマージすることはできますが、データベースファイルをマージすることはできません。サーバーを使用してデータを保存および/または同期している場合は、クライアントアクセス用に何らかのサーバーAPIを定義する必要があります。Core Dataを使用するiOSアプリは、そのAPIを使用してサーバーと通信することもできます。だから、ええ、実行可能でなければなりません。
サーバー側のコードはほぼ確実にSQLベースのものになるため、通信を行ったり来たりすると、CoreDataエンティティをSQLテーブルにマッピングすることになります。サーバーAPIがSQL固有の非コアデータスタイルのデータをあまり必要としない限り、これは問題ありません。例:Core Dataは、実際の多対多の関係があるため、通常、結合テーブルのようなものは使用しません。iOSアプリをCoreDataの関係とそのようなSQLismの間で変換することは可能ですが(私はそれを実行しました)、それはお尻の痛みのようなものです。ただし、通常は必要ありません。適切なサーバーAPIは、テーブル構造全体をそのままの形式で公開するだけではありません。