Load(filename)単独で変数をワークスペースにロードしますが、お気づきのように、これらは同じ名前の新しい変数をロードするたびに上書きされます。  S = load(filename)変数を構造体配列にロードします。その後、各変数に名前でアクセスし、配列に保存できます。例えば:
% create two files containing variables with the same names    
x = 1;
y = 2;
save("test1.mat")
x = 10;
y = 20;
save("test2.mat")
% load the saved files and store the variables x and y in vectors
for i  = 1:2
    temp = load(["test", num2str(i), ".mat"]);
    xVec(i) = temp.x;
    yVec(i) = temp.y;
end
編集に応じて、各ファイルのすべての変数を次のようなマトリックスに保存できます。
% load the saved files and store the contents of each file in a matrix
dataArray = {};
for i  = 1:2
    temp = load(["test", num2str(i), ".mat"]);
    dataArray{i} = [temp.x, temp.y];
end
cell 配列dataArrayには、各ファイルの行列が含まれます。