私は答えを探しましたが、 $DYLD_LIBRARY_PATH を、不足しているライブラリがどこにあるかを知っているものに設定する必要があるようですが、それが何であるかはわかりません。
私のマシンは Mac OS X で、MAMP で PHP5 を実行しています。私が作成した実行可能ファイルのシェル コマンドは、ターミナルでは正常に動作しますが、PHP アプリからはまったく動作しません。次のエラーが表示されます。
$ Error occurred during initialization of VM Unable to load native library: libjava.jnilib
そのライブラリを見つけて、上記の変数にディレクトリを追加するだけでいいと思いますが、見つからないようです。事前に助けてくれてありがとう！