たぶん、私の前の質問は長すぎて答えられませんでした。申し訳ありません...私は前の質問を短くしてより具体的にしようとします
API クエリ (出力として json 形式) から次の情報を抽出できます。
遺伝子1
Experiment1
Experiment2
Experiment3
Experiment4
GENE2
Experiment5
Experiment2
Experiment3
Experiment8
Experiment9
[...]
そこで、遺伝子と、それらが研究された関連実験を取得します...
SQL Alchemy に次のスキーマがあります。
from sqlalchemy import create_engine, Column, Integer, String, Date, ForeignKey, Table, Float
from sqlalchemy.orm import sessionmaker, relationship, backref
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
import requests
Base = declarative_base()
Genes2experiments = Table('genes2experiments',Base.metadata,
Column('gene_id', String, ForeignKey('genes.id')),
Column('experiment_id', String, ForeignKey('experiments.id'))
)
class Genes(Base):
__tablename__ = 'genes'
id = Column(String(45), primary_key=True)
experiments = relationship("Experiments", secondary=Genes2experiments, backref="genes")
def __init__(self, id=""):
self.id= id
def __repr__(self):
return "<genes(id:'%s')>" % (self.id)
class Experiments(Base):
__tablename__ = 'experiments'
id = Column(String(45), primary_key=True)
def __init__(self, id=""):
self.id= id
def __repr__(self):
return "<experiments(id:'%s')>" % (self.id)
def setUp():
global Session
engine=create_engine('mysql://root:password@localhost/db_name?charset=utf8', pool_recycle=3600,echo=False)
Session=sessionmaker(bind=engine)
def add_data():
session=Session()
for i in range(0,1000,200):
request= requests.get('http://www.ebi.ac.uk/gxa/api/v1',params={"updownInOrganism_part":"brain","rows":200,"start":i})
result = request.json
for item in result['results']:
gene_to_add = item['gene']['ensemblGeneId']
session.commit()
session.close()
setUp()
add_data()
このコードでは、API クエリから Genes テーブルまでのすべての遺伝子をデータベースに追加するだけです...
1 番目の質問: 実験情報をいつ、どのように追加して関係を維持する必要がありますか?
2 番目の質問: Genes クラスのように、Experiments クラスに新しいセカンダリ リレーションシップを追加する必要がありますか、それとも 1 つだけで十分ですか?
ありがとうございました
(詳細なコンテキスト/情報については、私の以前の質問)