r - GenABEL と Plink で Hardy-Weinberg 検定が異なるのはなぜですか?

Question

この Plink コマンドを使用すると:

Plink --file filename --hardy

とは対照的に、各マーカーに対して異なる p 値を持つ新しいファイル filename.hwe を作成しますGenABEL。

library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact

同じマーカーに対して別の p 値を取得するのはなぜですか?

Answer 1

HWEにはさまざまなテストがあります。たとえば、カイ二乗適合度 vs フィッシャーの正確確率検定 vs ヘテロ接合体の過剰/欠損などです。

よくわかりませんが、各ソフトウェアのマニュアルを調べて、最初に同じテストを使用していることを確認してください。