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CRAM と呼ばれるゲノム データ用のカスタム コンプレッサーがあります。これは優れた圧縮を提供しますが、「通常の」ファイルとしてバイオインフォマティクス ツールで扱うのはそれほど簡単ではないため、人々はそれを使用することを恐れています。従来のファイルと同様に、圧縮ファイルをスクリプトのパラメーターとして使用したり、GUI で開いたりできるようにしたいと考えています。

名前付きパイプまたはブロックデバイスファイルが読み取られるたびに unzip コマンドを自動的に実行するように。システムからシステムへ (電子メール、sftp などへ) コピーするのが簡単であれば、さらに良いでしょう。

現在のソリューション:

  1. cram と uncram の 2 つのコマンド (ここでは gzip と gunzip に置き換えることができます) と、入力ファイル fileX があるとします。

  2. 私たちは圧縮します:

    cram < fileX > fileX.cram

  3. cram 用の自己解凍型アーカイブを作成します。

    echo "uncram < fileX.cram" > fileX.cram.sex
    chmod +x fileX.cram.sex

  4. ツールのパラメーターとして使用します。

    mytool <(fileX.cram.sex)

「<()」表記と、GUI ですぐに開くことができないという事実を除いて、ほとんど使いやすくなりました。

プロセスを透明にする方法はありますか?

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ファイルを処理する各コマンドの周りに単純なラッパーを提供してみてください。

$ mytool () {
>  command mytool <( "$1" )
> }
$ mytool fileX.cram.sex

ビルトインを使用すると、commandコマンドをシャドウする関数ではなく、元のコマンドを実行できます。

fileX.cram.sex自己解凍アーカイブではないことに注意してください。これは、ハードコードされた入力ファイルを持つ単なるシェル スクリプトです。

于 2013-04-15T17:03:52.470 に答える