別の文字列の先頭で文字列を検索すると、これで問題なく動作します。
if ($(this).text().search(new RegExp(filter, "i")) < 0) { ...
2 番目の単語 (コンマに続く) も検索したいのですが、次の単語はヒットを返しません。
findcomma = ($(this).text().indexOf(",")+1); // plus 1 to ignore comma itself
if ($(this).text().substring(findcomma,$(this).text().length).search(new RegExp(filter, "i")) < 0) { ...
2 番目の If ステートメントのヘルプをいただければ幸いです。