Apache のマニュアルによると、ディレクトリ パスが使用されている場合、Include ディレクティブは再帰的です。しかし、ワイルドカード パスを使用すると再帰的になりますか?
Include "/usr/local/apache/conf/userdata/std/2/username/domain.com/*.conf"
ワイルドカードを使用する代わりに、ディレクトリを使用する必要があります。
1.3 からサポートされています https://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/core.html#include
Apache 1.3.13 の新機能は、Include がファイルではなくディレクトリを指している場合、Apache がそのディレクトリ内のすべてのファイルとサブディレクトリを読み取り、それらを構成ファイルとして解析する機能です。