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クラスターで mpi を実行しています。Cプログラムだけでなく、実行可能ファイルでも問題なく機能します。だから私はそれがうまくいくと確信しています。ただし、Rmpi をインストールしようとすると、エラーが発生します。

建築：

  • セントス 6.4
  • MPICH 3.0.3 (1.4 でも同じ問題がありました)。
  • R 2.15
  • Rmpi 0.6-3

さまざまな組み合わせを試しました。具体的には、R 内から install.packages() を実行し、コマンド ラインから R CMD INSTALL を実行しようとしました。私はsudo、su -、さらには非特権の「プライベート」ディレクトリにインストールしようとしました（LD_LIBRARY_PATHを設定すると問題が発生する場合）。だから、ここに私が実行したものの例があります：

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/
install.packages("Rmpi", configure.args = c("--with-Rmpi-include=/opt/tmp/shared/mpich2-install/include/", "--with-Rmpi-libpath=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/", "--with-Rmpi-type=OPENMPI", "--with-mpi=/opt/tmp/shared/mpich2-install/"))

すべてのイベントで、一貫したエラーが発生します:

gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o Rmpi.so RegQuery.o Rmpi.o conversion.o internal.o -L/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/ -lmpi -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lmpi
collect2: ld returned 1 exit status

mpi-type を (OPENMPI ではなく) MPICH として指定すると、不正な形式に関するエラーが発生することに注意してください。

私はアイデアを使い果たしました...同様の投稿がありますが、私の問題は違うようです。ありがとう。

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どうやら、これは MPICH と Rmpi​​ の間の既知の非互換性です。Open MPI をインストールしたところ、すべて問題なく動作しました。たぶん、それは誰かにも役立つでしょう...

于 2013-04-25T21:30:40.693 に答える