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vtk プログラムについての質問です。

3D MRI と 3D US 画像の間で厳密な位置合わせを行っています。米国のデータのサイズは、MRI よりもはるかに大きくなります。最初に、両方の画像の同じ臓器にあるランドマークをいくつか取得します。次に、「vtkLandmarkTransform」を使用して、これらのランドマーク ポイント間の変換を取得します。最後に、「vtkImageReslice」を使用して MRI データに変換を適用します。それで、膨大な MRI データを取得します。

新しい MRI データを US 画像と同じサイズにし、US 画像と同じ臓器の位置を表示するには、どうすれば膨大なデータを切り取ることができますか?

Hers's my code

vtkSmartPointer<vtkPoints> sourcePoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();//Input source points
for ( int t = 0; t < 6; t++ )
{
    float sourcePoint[3] = {inital_points_mri[t][0], inital_points_mri[t][1], inital_points_mri[t][2]};
    sourcePoints->InsertNextPoint(sourcePoint);
}

vtkSmartPointer<vtkPoints> targetPoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();//Input target points
for ( int t = 0; t < 6; t++ )
{
    float targetPoint[3] = {inital_points_us[t][0], inital_points_us[t][1], inital_points_us[t][2]};
    targetPoints->InsertNextPoint(targetPoint);
}

vtkSmartPointer<vtkLandmarkTransform> landmarkTransform = vtkSmartPointer<vtkLandmarkTransform>::New();//get landmark transform
landmarkTransform->SetSourceLandmarks(sourcePoints);
landmarkTransform->SetTargetLandmarks(targetPoints);
landmarkTransform->SetModeToSimilarity ();
landmarkTransform->Update();

vtkSmartPointer<vtkImageReslice> transform2 = vtkSmartPointer<vtkImageReslice>::New(); // Apply transform
transform2->SetInput(MRIimagedata); // Input MRI image
transform2->AutoCropOutputOn();  // I'm not sure I need it or not?
// transform2->SetOutputExtent(0,499,0,489,0,358); // set the extent as US data, but can't get the same organ position
landmarkTransform->Inverse();
transform2->SetResliceTransform(landmarkTransform);
transform2->Update();
vtkImageData* transformImage = transform2->GetOutput();

ご清聴ありがとうございました。

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ごめんなさい、皆さん。私はこの部分で愚かな間違いを犯しました。

原点 (0, 0, 0) の座標で MRI のランドマークを取得します。次に、変換を MRI データに適用しますが、MRI データのオフセットが (0, 0, 0) ではないことを忘れています。そのため、正しい結果を得ることができません。

私の質問に戻る: VTK を使用して画像データをトリミングする方法は? 答えは非常に簡単です。次のコードを使用して、出力元を設定し、パラメーターを拡張します。

vtkSmartPointer<vtkImageReslice> transform2 = vtkSmartPointer<vtkImageReslice>::New();
transform2->SetInput(MRIimagedata);
// transform2->AutoCropOutputOn();  //It's not necessary 
landmarkTransform1->Inverse();
transform2->SetResliceTransform(landmarkTransform1);
transform2->SetOutputOrigin(0,0,0);  //set the origin of new image data. It's where we start our crop
transform2->SetOutputExtent(0,499,0,489,0,358);  //set the range to crop from big data

変換が正しければ、正しい結果が得られます。

これが私のコードです

// read MRI image data
vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> reader1 =
    vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader>::New();
reader1->SetFileName("MRI.mhd");
reader1->Update();
vtkImageData* MRIimagedata = reader1->GetOutput();
double* origin_MRI = MRIimagedata->GetOrigin();

// generate landmark transforms
vtkSmartPointer<vtkPoints> sourcePoints1 = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();//Input landmarks on MRI data, should add the offset of MRI data
for ( int t = 0; t < 6; t++ )
{
    float sourcePoint1[3] = {inital_points_mri[t][0]+origin_MRI[0], inital_points_mri[t][1]+origin_MRI[1], inital_points_mri[t][2]+origin_MRI[2]};
    sourcePoints1->InsertNextPoint(sourcePoint1);
}

vtkSmartPointer<vtkPoints> targetPoints1 = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();//input landmarks on US data, the offset of US is (0,0,0)
for ( int t = 0; t < 6; t++ )
{
    float targetPoint1[3] = {inital_points_us[t][0], inital_points_us[t][1], inital_points_us[t][2]};
    targetPoints1->InsertNextPoint(targetPoint1);
}

vtkSmartPointer<vtkLandmarkTransform> landmarkTransform1 = vtkSmartPointer<vtkLandmarkTransform>::New();
landmarkTransform1->SetSourceLandmarks(sourcePoints1);
landmarkTransform1->SetTargetLandmarks(targetPoints1);
landmarkTransform1->SetModeToSimilarity();
landmarkTransform1->Update();

vtkSmartPointer<vtkImageReslice> transform2 = vtkSmartPointer<vtkImageReslice>::New();
transform2->SetInput(MRIimagedata);
// transform2->AutoCropOutputOn();
landmarkTransform1->Inverse();
transform2->SetResliceTransform(landmarkTransform1);
transform2->SetOutputOrigin(0,0,0);
transform2->SetOutputExtent(0,499,0,489,0,358);
transform2->Update();
vtkImageData* transformImage = transform2->GetOutput();
于 2013-05-15T15:48:35.120 に答える