少しいじった後、「Applies to」フィールドを設定する方法を見つけることができました。監査ルール オブジェクトを作成するときは、InheritanceFlags と PropagationFlags を組み合わせて使用する必要があります。
フラグの組み合わせとその結果が「適用先」フィールドにどのようなものかを示すコード例 (質問の例に基づく) は次のとおりです。
// This folder only (default)
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.None, PropagationFlags.None, AuditFlags.Success));
// This folder and subfolders
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ContainerInherit, PropagationFlags.None, AuditFlags.Success));
// This folder and files
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ObjectInherit, PropagationFlags.None, AuditFlags.Success));
// This folder, subfolders and files
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ContainerInherit | InheritanceFlags.ObjectInherit, PropagationFlags.None, AuditFlags.Success));
// Subfolders only
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ContainerInherit, PropagationFlags.InheritOnly, AuditFlags.Success));
// Files only
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ObjectInherit, PropagationFlags.InheritOnly, AuditFlags.Success));
// Subfolders and files only
fSecurity.AddAuditRule(new FileSystemAuditRule(account, FileSystemRights.WriteData | FileSystemRights.Delete | FileSystemRights.ChangePermissions, InheritanceFlags.ContainerInherit | InheritanceFlags.ObjectInherit, PropagationFlags.InheritOnly, AuditFlags.Success));
アクセス制御に関するこの情報とその他の多くの情報は、Michael Taylor によるこの非常に便利なページにあります。