Firefox (v20.0.1) で、transitionend イベントが一貫して発生しないという問題が発生しています。overflow: hiddenアニメーション div でスタイルを維持すると、正常に動作します。
説明するために例を作成しました： http://codepen.io/harryfino/full/jphis
この例は、Chrome と IE10 では問題なく動作しますが、Firefox では、2 回目のクリックで transitionend イベントが発生することはありません。次に 3 回目のクリックで 2 回起動し、両方の要素が非表示になります。行をコメントアウトするpage.removeClass('is-animating')と、イベントが適切に発生します。
削除の裏話overflow: hidden: 実際のコードには、コンテナーからオーバーフローして非表示にできない div があります。
2回目のクリックでイベントが発生しない理由と、おまけとして、それが発生する理由を知りたいですoverflow: hidden。