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データを可視化したい。私のデータは次のようなものです: 私のデータファイルは: https://gist.github.com/anonymous/5568836

4556    5092    0.7000 
4556    4785    0.7500 
4556    5397    0.7000 
4556    5139    0.7500 
4556    5937    0.8333 
4556    6220    0.7000 
4556    5139    0.7500 
4556    6220    0.7063 
4559    4563    0.7500 
4559    4770    0.7500 
4559    4837    0.7500 
4559    5640    0.7500 
4559    4563    0.7500 
4559    4770    0.7500 
4559    4837    0.7500 
4559    5640    0.7500 
4561    4607    1.0000 
4561    4600    0.7500 
4561    4562    0.7500 
4561    5090    0.7500 
4561    5197    1.0000 
4561    5182    0.7500 
4561    5937    0.7500 
4561    6143    0.7500 
4561    5632    1.0000

1 つ目はソース ノード、2 つ目はターゲット ノード、3 つ目は距離です。私はそれを視覚化するためにnetworkxを使用しています。私のコードは次のとおりです。

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
G=nx.Graph()
#G=nx.star_graph(800)
filedata1 = open("1.txt",'r')
for line in filedata1:
    datas = line.split()
    G.add_node(int(datas[0]))
    G.add_node(int(datas[1]))
    G.add_edge(int(datas[0]),int(datas[1]),weight=float(datas[2]))
pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos,node_size=20,node_color='r')
plt.axis('off')
plt.savefig("data.png")
plt.show()

出力は次のとおりです。 ここに画像の説明を入力

そして同じデータ、私はサイトスケープを使用します。出力は次のとおりです。 ここに画像の説明を入力

サイトスケープはデータを自動的にクラスター化するように見えるので、ネットワークxでいくつかのクラスターを見ることができますが、完全に混乱しています。

サイトスペースのように出力したいのですが、サイトスペースの出力にはリンクがあり、ノード間の距離を設定できません。

networkx はノード間のエッジ距離を設定でき、ノードのみを描画できます (これは私が望むものです) が、レイアウトは完全に混乱しています。いくつかのクラスターを表示したい :-)

サイトスペースはフォースレイアウトを使用しているようで、私はネットワークxでフォースレイアウトを使用していますが、出力はまったく異なります。

誰でも私に助けを与えることができますか？どうも

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pydot または pygraphviz をインストールできる場合は、graphviz レイアウト エンジンのほうがうまくいく可能性があります。

例えば

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
import urllib
data = urllib.urlopen('https://gist.github.com/anonymous/5568836/raw/abc598d68d8fef980c9701b4bc85f5d10a9f71fa/gistfile1.txt')
G = nx.read_weighted_edgelist(data)
pos=nx.graphviz_layout(G)
nx.draw(G,pos,node_size=20,node_color='r',with_labels=False)
plt.savefig("data.png")
plt.show()

ここに画像の説明を入力

于 2013-05-14T00:39:40.720 に答える