系統発生といくつかのデータ (特性値) があります。ace
inを使用して、すべてのノードの特性値を再構築しましたcaper
。
再構築された特性値を適切なノードに関連付けるために使用makeNodeLabel
しました。ape
私がやりたいことは、ノード値 (再構成された値)と先端ラベル (経験的データ) の両方を含むネクサス ファイル (系統発生) を R からエクスポートすることです。
値を示すために (FigTree で) カラー コードを使用したいのですが、現時点ではノードでのみこれを行うことができます。つまり、先端分岐にはデータがないため、「色分け可能」ではありません。
これを行うには、ヒントに値を関連付ける必要がありますが、これを行う方法がわかりません。また、系統発生に関連付けるすべてのデータが「類似のカテゴリ」にある必要があります。つまり、たとえば、シータ値*BEAST
がネクサスファイルでコード化される方法と同様です。
どんな助けでも大歓迎です。