問題タブ [phylogeny]

Latex ドキュメントに次のようなテキストを挿入する必要があります。

((((テトラメリスタ科,ペリシエ科),マルクグラビア科),バルサミネ科),(フウキリア科,ポレモニア科,スラデニア科,(テルンストロミア,アディナンドラ)ペンタフィラ科,(スキマ,ゴルドニア)ツバキ科,(リソカルパ,ディオスピロス)エベナ科,シンプロカ科,(マエサ科,(テオフラスタ科) ,(サクラソウ科,(ミルシン,アルディシア)ミルシナ科))),(ダイアペンシア科,(パラスチラックス,スチラックス)エゴノキ科),サポタ科,(バリングトニア,グスタビア)レシチス科,(((ツツジ科,キリル科),(プルディア科,クレスラ)ミズナラ科), (サラセニア科、((アクチニディア、サウライア)アクチニディア科、ロリデュラ科)))))エリカ;

Latex は、すべてのテキストを 1 行に書き込み、右マージンからはみ出します。手で \linebreak を使用することはできません。これは、テキストが長い場合に悪い結果をもたらすだけであり、同様のテキストをすべて含めるには多くの作業が必要になります。

何か案が？

ありがとう！

hclustオブジェクトのプロットから生成された樹状図の葉のプロパティを変更したいと思います。最低限、色を変えたいのですが、ご協力いただければ幸いです。

私は答えをグーグルで検索しようとしましたが、私が見たすべての解決策は、私が推測したものよりもかなり難しいようでした。

Java で生成しているいくつかの凝集クラスターのきれいな樹状図を表示したいと考えています。クラスターを Newick 形式のファイルに書き出します。そうすれば、ほぼ望みどおりのきれいな写真を得ることができます。

残念ながら、X 軸は私が望むものではありません。クラスタリングの反復は右から左に進行するため、軸を「反転」することをお勧めします。たとえばfirstName、setFirstName最初の反復でクラスタ化されます。誰かがそれを行う方法を知っていますか、または少なくとも X 軸のラベル付けをオフにしますか? (とにかく、デフォルトの軸は何を伝えようとしていますか?)

R で系統樹データを操作する場合 (特に「phylo」または「phylo4」オブジェクトを操作する場合)、特定の分類群 (より速く進化するもの) が不均衡な量の枝の長さに寄与しないように、枝の長さを正規化すると便利です。木に。これは、http: //bmf2.colorado.edu/unifrac/help.pspでの議論に見られるように、UniFrac 値の計算では一般的なようです。(ただし、UniFrac 値以上のものが必要です)。

ただし、この正規化ステップを実行する関数が見つかりません。類人猿、ピカンテ、アデフィロ、フィロベースを調べました。この関数を含むパッケージ、またはこの種の関数を簡単に記述できるパッケージを教えてもらえますか?

Rのgeigerパッケージでtip.disparity関数を実行しようとしています。

私のデータ：

関数「name.check」を使用して、データの名前がツリーの名前と一致することを確認すると、次のようになります。

名前を番号で参照していることを示します。文字ベクトルなどに変換してみました

で実行してみました

パッケージがツリー内の名前と一致するようにデータフレームを編集するだけです（ツリーはnewick形式です）

これがより明確になることを願っていますありがとう

ブートストラップについての私の理解は、あなたが

1. シーケンスのマトリックス（ヌクレオチドなど）から何らかのアルゴリズムを使用して「ツリー」を構築します。
2. あなたはその木を保管します。
3. 行列を 1 から摂動し、ツリーを再構築します。

私の質問は: シーケンス バイオインフォマティクスの観点から見た 3 の目的は何ですか? 元のマトリックスの文字を変更することで、データのアーティファクトを削除できると「推測」できますか? しかし、その推測には問題があります。なぜそのようなアーティファクトを削除する必要があるのか​​ わかりません。配列アラインメントは、その性質上、長い類似性を見つけることによってアーティファクトに対処することになっています。

Good people - I need some help to find a way to create an interactive cladogram or phylogenetic tree (yes, I have read all related posts, and do not find what I am looking for). The thing is, I need the nodes to be name-able. An example would be something like this

Most scripts I find are either applets, flash, or simply do not show the node classification, ie it would skip "feliformia" in this example. This is useless to me, as I would then end up with carnivore - anonymous node - anonymous node - anonymous node - tiger, and that is not good.

This tree will in theory cover all life, so it could get rather large, and get links and names in english and latin from database.

So: no flash, no applets. It must be horizontal, no supertrees (circular). I have gone through this http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html but most of them seems to be either old, not displaying sub-node levels, applets, or way too complex.

I imagine this would be a delightful job for canvas/jQuery..? And chances are, someone got there before me?

Any pointers much appreciated.

Note: if anyone out there would like to do something like this as a project, I will be happy to help, even though it would not benefit me for this project.This type of taxonomy is not as simple as it may seem, and I would be happy see this happen.

Edit: a year has passed; I still think this is a very interesting question. I have been out of the tech-world for a spell; so if anyone has found something that looks promising for a large-scale project... I am all ears.

系統樹比較のための新しいアルゴリズムを開発しました（系統樹は単純にルート化された二分木です）。入力として 2 つのツリーがあり、それらの類似性パーセンテージを計算したいと考えています。これらのタイプのアルゴリズムの一例はこちらです。

しかし、これらのアルゴリズムのほとんど (私はすべて知っています) は、アルゴリズムの精度をチェックする良い方法を提供しませんでした。たとえば、次の図を見ると、T1 と T2 よりも T1 と T3 の方が類似性が高いことがわかります。

類似性測定の精度をチェックする方法が必要です. 私のアルゴリズムが以前のアルゴリズムよりも優れていることを確認するために!!! （ほとんどの場合、人間の目では難しくありませんが、アプリケーションに拡張する方法がわかりません）

妥当性の尺度は、アルゴリズムから独立している必要があります。

RNewick形式からインポートされたいくつかの系統樹があります。apeこのパッケージを使用して、plot.phyloコマンドでツリーをプロットしています。チップラベルのフォントファミリ（サイズだけでなく、でできるcex、または色で）をモノスペースに変更できるようにしたいと思います。コマンドは引数を取りますが、を渡しても何も起こりません。入れてみてもうまくいきませんでした。colplotfamilyfamily="mono"par

私と同じ

そして、フォントの変更をお願いします。

編集：フォントファミリの指定は、グラフィックをに保存するときに機能するようですが、では機能pngしませんdevSVG。更新されたフォントをに保存するにはどうすればよいSVGですか？

教育的な例として、海洋生物学のコース用の簡単な系統樹を作りたいと思います。分類学的ランクのある種のリストがあります：

樹状図（クラスター分析）を取得し、最初の切断点としてドメイン、2番目の切断点としてKindom、3番目の切断点としてPhylumなどを使用したいと思います。欠落している値は無視する必要があります（切断点なし、代わりに直線）。グループは、ラベルの着色カテゴリとして使用する必要があります。

このデータフレームから距離行列を作成する方法が少しわかりません。Rには多くの系統樹パッケージがあり、newickデータ/DNA/その他の高度な情報が必要なようです。したがって、これを手伝っていただければ幸いです。