r - Rにおける系統発生MANOVA?

Question

系統発生の非独立性を制御しながらMANOVAを実行するRのパッケージまたは方法を知っている人はいますか?

ありがとうございました！

Answer 1

sosパッケージはあなたの友達です:

library('sos')
findFn('phylogenetic MANOVA')

パッケージのように見えgeiger、より正確にaov.phyloは系統発生 ANOVA または MANOVA を実行します。

ヘルプの例を次に示します。

library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)

## MANOVA
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
Multivariate Analysis of Variance Table

Response: dat
          Df   Wilks approx-F num-Df den-Df   Pr(>F) Pr(phy)
group      1 0.27872   3.6229      5      7 0.061584   0.549
Residuals 11