1

次の fasta ファイルがあります。

'>gi|277456704|dbj|ID_P|Gene name LLL
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKV
YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFG
EVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLEL
MAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKI
GDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLWEIFSLGYMPYPSKSNQEV
LEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYRIMTQCWQHQPEDRPNFAIILERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEE

'>gi|27704|dbj|ID_Y|Gene name JJJ
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
SELRGGYGDPGRLPVGSGLCSASRARLPGHVAADHPPAVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIM
TDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQ
DELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHV
ARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPE

'>gi|2097704|dbj|ID_X|Gene name X
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
QPSPRAVIPMSCITNGSGANRKPSHTSAVSIAGKETLSSAAKSGTEKKKEKPQGQREKKEESHSNDQSPQ
IRASPSPQPSSQPLQIHRQTPESKNATPTKSIKRPSPAEKSHNSWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTK
TADKHKDVIINQEGEYIKMFMRGRPITMFIPSDVDNYDDIRTELPPEKLKLEWAYGYRGKDCRANVYLLP
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT
LSTLQIIGLGTFERGVGCLDFSKADSGVHLCVIDDSNEHMLTVWDWQRKAKGAEIKTTNEVVLAVEFHPT

FASTA をループして、タンパク質配列をすべての 'R' で分割します。これにより、ペプチドが生成され、ペプチドが blastp されます。blastp から結果を取得し、fasta ファイル内のタンパク質 ID ごとに個別のファイルに blastp の結果を保存します。使用言語については特にこだわりはありません。その上にさらに多くの機能を構築できるように、これを行う方法を学びたいです。ありがとう！

4

1 に答える 1

6

Biopythonを使用すると、FASTA ファイルをシーケンスオブジェクトに解析し、 「R」で分割してから、インターネット経由で BLAST を実行するか、ローカルで BLASTを実行できます。結果 ( SeqRecordsとして表される) を取得し、各レコードを反復処理することにより、それらを FASTA ファイルに出力できます。

ドキュメントには、探しているものをつなぎ合わせるために使用できるコード サンプルがたくさんあります。

于 2013-06-08T00:12:27.377 に答える