jsに関してはかなり新しいですが、基本的にやりたかったのは、innerHTMLメソッドを使用してユニバーサルナビゲーションを作成することだったので、htmlコンテンツ全体を置き換える必要はありません。複数のページでスクリプトを実行するだけで、スクリプトの編集時にナビゲーションへのすべてのリンクが変更されます。jsfiddle を使用してやりたいことのマイナー バージョンを作成しました。外部の .js ファイルからスクリプトを実行するつもりでしたが、デモンストレーションのためにスクリプトを直接挿入しました。
<script>document.getElementById("navigation").innerHTML=
("<a href="index.html"><li>home</li></a>
<a href="portfolio.html"><li>portfolio</li></a>
<a href="resources.html"><li>resources</li></a>
<a href="projects.html"><li>projects</li></a>");
</script>