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24 個の PAIR ファイルのリストがあります。各 PAIR ファイルを NDF ファイルとマージして、24 個のペア NDF ファイルを作成したいと考えています。目的は、マージされた各ファイルを書き込み、ファイルから情報を抽出して XYS ファイルを作成することです。ただし、ここでは、ループ関数を実行して、NDF ファイルを 24 個の PAIR ファイルのそれぞれとマージしようとしています。 

#read in files
allfilesList=lapply(list.files(), read.delim, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)

#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#1
for(file in allfileslist){
if(!exists("dataset")){
dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)
}
for(file in allfileslist){
if(exists("dataset")){
temp_dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t")
dataset=merge(file, ndf, by="PROBE_ID", temp_dataset)
rm(temp_dataset)
}
}
#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#2
for(i in 1:length(allfileslist)){
readnmerge=read.delim(file=paste(getwd(), allfileslist[i], sep="\t"), header=T)
dataMerge=merge(readnmerge, ndf, by="PROBE_ID")
}

ただし、どちらの場合も、1 つのファイルのみを反復するように見え、IMAGE_ID は各 PAIR ファイルの最初の列です。

私はそれに取り組み続けます。ただし、誰かがより良い方法を提案できる場合は、返信してください。よろしく、フランクリン

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しばらく経ったので、自分の質問に答えるのに役立つと思いました。また、Bioconductor で pdInfoBuilder と Oligo パッケージを見つけました。R を使用してペアを xys ファイルに変換する方法があります。こちらの投稿を見つけました: Manipulating multiple files in R は非常に役に立ちました。

于 2013-11-07T05:23:34.380 に答える