私は現在-outfmt 10、Blast のオプションを使用するライブラリを作成しています。これにより、かなり人間が読める形式ではなく、CSV が得られます。
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tblastn -db dmel_a -query somequery.faa -outfmt 10
問題は、処理後にいくつかのシーケンスを抽出できるように、db ソース ファイルにアクセスしたいということです。これを行う方法を知っている唯一の方法は、remove を使用し-outfmt 10て blast を 2 回実行することです。次に、次の行の人間が読める形式の出力を解析します。
Database: Source.fas
ただし、 でtitleデータベースを作成するときに が指定されていない場合にのみ機能しますmakeblastdb。stitleとにかく、 ofoutfmt 10は fasta ヘッダー行のようです。.fna, .fas, .faaソースファイルとは異なる名前をデータベースに付けることができるため、データベース名と a だけを探すことはできません。
blast データベース名から fasta ソース ファイルを抽出する別の方法はありますか? outfmtオプションのリストに何も表示されません。それとも今日は盲目ですか？