可能であれば、一度に 1 つのテーブルを変更しないでください。
サーバー全体を変更します。そうすれば、myisam ワークロードではなく、innodb のみのワークロードに合わせてサーバーを調整できます。この 2 つは相互に互換性がありません (メモリ バッファは特定のエンジンに割り当てられます。メモリを共有することはできません)。
16G の RAM があるとします。MyISAM テーブルがない場合、おそらく innodb バッファー プールに約 12G を使用する必要があります。
同様に、MyISAM テーブルしかない場合は、おそらく innodb を完全にオフにして、myisam キー キャッシュに半分弱 (たとえば 6G) を割り当てます。
myisam と innodb が混在するサーバーでは、メモリ チューニングをトレードオフする必要があります。
また、パフォーマンス テストは、テーブルを変更するたびに行うのではなく、1 回だけ行いたいと考えています。
「MyISAM が InnoDb よりも高速であることはわかっている」と言うのは、場合によっては大幅な単純化です。
サーバーに合わせて InnoDB を適切に調整し、適切なサーバー グレードのハードウェアを実行している場合、InnoDB はほとんどのクエリで MyISAM と競合できるはずです (完全なテーブル スキャンは除きますが、それらの多くは実行していません)。
つまり、データが「些細な冗談」サイズでない限りです。
innodb の挿入/更新がはるかに遅いことがわかった場合は、耐久性がはるかに優れていることに注意してください。MyISAM とほぼ同じ耐久性になるように調整すると、パフォーマンスが向上することが期待できます。