vhost で mod_php を非アクティブ化し、他の vhost で機能させる必要があります。suphp をアクティブ化するには、それを無効にする必要があります。
仮想ホスト構成は次のとおりです。
Options +Indexes
ServerName www.native.org
ServerAlias native.org
DocumentRoot /home/user/www/native/current
ServerAdmin info@native.org
UseCanonicalName Off
CustomLog /var/log/apache2/native_access.log combined
ErrorLog /var/log/apache2/native_error.log
<Directory /home/user/www/native/current>
RemoveHandler .php
AllowOverride All
Options FollowSymLinks
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
suPHP_Engine on
SuexecUserGroup user native
<IfModule mod_suphp.c>
suPHP_UserGroup user native
AddHandler x-httpd-php .php .php3 .php4 .php5
suPHP_AddHandler x-httpd-php
</IfModule>
注意: mod_php は、すべての仮想ホストに対してデフォルトで有効になっています