また、あなたのサイトには Chrome と IE10 の違いも見られます。
調べたところ、何らかの理由でこのスニペットがいくつかの問題を引き起こしていることがわかりました。
#nav-container {
margin-bottom: 3em;
}
もう少し進むと、次のスニペットが表示されます。
#nav-container {
border: 1px solid #d9d9d9;
border-width: 1px;
background: #fff;
background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#ffffff), to(#f5f5f5));
background: -webkit-linear-gradient(#ffffff, #f5f5f5);
background: -moz-linear-gradient(center top, #ffffff 0%, #f5f5f5 100%);
background: -moz-gradient(center top, #ffffff 0%, #f5f5f5 100%);
margin: 0 0 1em 0;
}
両方のスニペットの margin-bottom を 0 に設定すると、結果は期待どおりになります!