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コードで述べたように、Perl モジュールを使用して、複数の情報セットを含むフラット ファイルから特定の行を取得しているため、Perl モジュールに関して問題がありました。(これは Bio::Parse のサンプル コードです) ::SwissProt.pm)。しかし、問題は、このコードで作業しているときはいつでも、Refs ステートメントに問題があることです。345行目で読み取り専用値の変更を試みたため、エラーが発生しています。c:/wamp/bin/perl/site/lib/bio/parse/swissprot.pm入力ファイルは次のようになります

入力ファイル(フラットファイル)

ID   P72354_STAAU            Unreviewed;       575 AA.
AC   P72354;
DT   01-FEB-1997, integrated into UniProtKB/TrEMBL.
DT   01-FEB-1997, sequence version 1.
DT   29-MAY-2013, entry version 79.
DE   SubName: Full=ATP-binding cassette transporter A;
GN   Name=abcA;
OS   Staphylococcus aureus.
OC   Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcus.
OX   NCBI_TaxID=1280;
RN   [1]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=NCTC 8325;
RX   PubMed=8878592;
RA   Henze U.U., Berger-Bachi B.;
RT   "Penicillin-binding protein 4 overproduction increases beta-lactam
RT   resistance in Staphylococcus aureus.";
RL   Antimicrob. Agents Chemother. 40:2121-2125(1996).
RN   [2]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=NCTC 8325;
RX   PubMed=9158759;
RA   Henze U.U., Roos M., Berger-Bachi B.;
RT   "Effects of penicillin-binding protein 4 overproduction in
RT   Staphylococcus aureus.";
RL   Microb. Drug Resist. 2:193-199(1996).
 CC   -!- SIMILARITY: Belongs to the ABC transporter superfamily.
CC   -----------------------------------------------------------------------
CC   Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms
CC   Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License
CC   -----------------------------------------------------------------------
DR   EMBL; X91786; CAA62898.1; -; Genomic_DNA.
DR   ProteinModelPortal; P72354; -.
DR   SMR; P72354; 335-571.
DR   GO; GO:0016021; C:integral to membrane; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0005524; F:ATP binding; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0042626; F:ATPase activity
DR   GO; GO:0006200; P:ATP catabolic process; IEA:GOC.
DR   InterPro; IPR003593; AAA+_ATPase.
DR   InterPro; IPR003439; ABC_transporter-like.
DR   InterPro; IPR017871; ABC_transporter_CS.
DR   InterPro; IPR017940; ABC_transporter_type1.
DR   InterPro; IPR001140; ABC_transptr_TM_dom.
DR   InterPro; IPR011527; ABC_transptrTM_dom_typ1.
DR   InterPro; IPR027417; P-loop_NTPase.
DR   Pfam; PF00664; ABC_membrane; 1.
DR   Pfam; PF00005; ABC_tran; 1.
DR   SMART; SM00382; AAA; 1.
DR   SUPFAM; SSF90123; ABC_TM_1; 1.
DR   SUPFAM; SSF52540; SSF52540; 1.
DR   PROSITE; PS50929; ABC_TM1F; 1.
DR   PROSITE; PS00211; ABC_TRANSPORTER_1; 1.
DR   PROSITE; PS50893; ABC_TRANSPORTER_2; 1.
PE   3: Inferred from homology;
KW   ATP-binding; Nucleotide-binding.
SQ   SEQUENCE   575 AA;  64028 MW;  F7E30A85971719B9 CRC64;
     MKRENPLFFL FKKLSWPVGL IVAAITISSL GSLSGLLVPL FTGRIVDKFS VSHINWNLIA
     LFGGIFVINA LLSGLGLYLL SKIGEKIIYA IRSVLWEHII QLKMPFFDKN ESGQLMSRLT
     DDTKVINEFI SQKLPNLLPS IVTLVGSLIM LFILDWKMTL LTFITIPIFV LIMIPLGRIM
     QKISTSTQSE IANFSGLLGR VLTEMRLVKI SNTERLELDN AHKNLNEIYK LGLKQAKIAA
     VVQPISGIVM LLTIAIILGF GALEIATGAI TAGTLIAMIF YVIQLSMPLI NLSTLVTDYK
     KAVGASSRIY EIMQEPIEPT EALEDSENVL IDDGVLSFEH VDFKYDVKKI LDDVSFQIPQ
     GQVSAFVGPS GSGKSTIFNL IERMYEIESG DIKYGLESVY DIPLSKWRRK IGYVMQSNSM
     MSGTIRDNIL YGINRHVSDE ELINYAKLAN CHDFIMQFDE GYDTLVGERG LKLSGGQRQR
     IDIARSFVKN PDILLLDEAT ANLDSESELK IQEALETLME GRTTIVIANR LSTIKKAGQI
     IFLDKGQVTG KGTHSELMAS HAKYKNFVVS QKLTD
//

スクリプト部分 C:/wamp/bin/perl/bin/perl.exe 

use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
use SWISS::Entry;
use Bio::Parse::SwissProt;
my $sp = Bio::Parse::SwissProt->new(FILE =>"me.txt")or die $!;

# Read in all the entries and fill %entries
my $entry_name =  $sp->entry_name( );
print "$entry_name\n";
my $seq_len = $sp->seq_len( );
print "$seq_len\n";
$refs = $sw->refs();
$refs = $sw->refs(TITLE => 1, AUTH => 1);
for my $i (0..$#{$refs}) {
    print "@{$refs->[$i]}\n";

OUTPUTは次のようになります

[1]
  NUCLEOTIDE SEQUENCE.
  STRAIN=NCTC 8325;
  PubMed=8878592;
  Henze U.U., Berger-Bachi B.;
  "Penicillin-binding protein 4 overproduction increases beta-lactam
  resistance in Staphylococcus aureus.";
  Antimicrob. Agents Chemother. 40:2121-2125(1996).
[2]
  NUCLEOTIDE SEQUENCE.
  STRAIN=NCTC 8325;
  PubMed=9158759;
  Henze U.U., Roos M., Berger-Bachi B.;
  "Effects of penicillin-binding protein 4 overproduction in
  Staphylococcus aureus.";
  Microb. Drug Resist. 2:193-199(1996).
</code></pre>
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インターネットで検索したところ、 SwissknifeSWISS::Entryパッケージから使用しているように見え、あなた (または誰か)が独立したプロジェクト (BioPerl の一部ではない)として sourceforge からダウンロードしたようです。私はこれらのプロジェクトのどちらにも詳しくありませんが、BioPerl を使用するだけで必要な情報を取得できます。参照を取得する例を次に示します。Bio::Parse::SwissProtBio::SeqIO

#!usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $usage = "perl $0 swiss-file\n";
my $infile = shift or die $usage;

my $io = Bio::SeqIO->new(-file => $infile, -format => 'swiss');
my $seqio = $io->next_seq;
my $anno_collection = $seqio->annotation;

for my $key ( $anno_collection->get_all_annotation_keys ) {
    my @annotations = $anno_collection->get_Annotations($key);
    for my $value ( @annotations ) {
        if ($value->tagname eq "reference") {
            my $hash_ref = $value->hash_tree;
            for my $key (keys %{$hash_ref}) {
                print $key,": ",$hash_ref->{$key},"\n" if defined $hash_ref->{$key};
            }
        }
    }
}

これを実行すると、必要な情報が得られます。

authors: Henze U.U., Berger-Bachi B.
location: Antimicrob. Agents Chemother. 40:2121-2125(1996).
title: "Penicillin-binding protein 4 overproduction increases beta-lactam resistance in Staphylococcus aureus."
pubmed: 8878592
authors: Henze U.U., Roos M., Berger-Bachi B.
location: Microb. Drug Resist. 2:193-199(1996).
title: "Effects of penicillin-binding protein 4 overproduction in Staphylococcus aureus."
pubmed: 9158759

BioPerl Feature Annotation HOWTOは、これらのタイプのファイルを解析するのに役立つページです。エントリを取得して解析したい場合は、Bio::DB::Swissprotを使用して、上記の例に数行のコードを追加するだけです。これがあなたの特定の問題に対する答えではないことはわかっていますが、これは解決策であり、多くの人が BioPerl であなたを助けることができるでしょう。

于 2013-07-05T17:20:40.843 に答える