algorithm - 200以上の化学反応ライブラリを横断する効率的な検索メカニズムとは

Question

私は現在、開始化合物と終了化合物が提供されたときに変換の中間ステップを生成するのに役立つ有機変換シミュレーターを開発しています。中間化合物を取得するための検索メカニズムを探しています。検索するための解決策としてブルートフォースに出くわしました。しかし、各化合物をチェックするためにライブラリに 200 ほどの反応があるので、かなりの時間がかかると思います。私の要件を効率的に達成するために、他のどの手法またはアルゴリズムがより時間のかからないでしょうか。たとえば、ファジーロジック、遺伝的アルゴリズムなどがあります

Answer 1

遺伝的アルゴリズムに関しては、マルチパラメトリック最適化のための非常に優れたツールです。しかし、確かに、反応機構の枠組みだけでなく、各反応の反応速度パラメータを評価する必要があります。また、中間種ごとに熱力学データが必要です。したがって、大量のパラメーターがあります。これらのパラメーターを正しく評価するには、大量の実験データが必要です。反応を取得する独自の反応セットが既にある場合は、完全な動力学的メカニズム (すべての経路を含む) を生成し、さらに化学メカニズムの削減手法を実装できます。スタックオーバーフローで議論するためのものではない、さまざまな削減手法があります. また、反応パラメーターが推定されている場合 (反応を処理する準備ができている場合)、GA を使用してさまざまなスキームを生成できます。たとえば、バイナリ遺伝子を使用して - 0 - この反応はスキームに含まれず、1 - 含まれます。