WebBrowser コントロールを含む別のフォームがあります。スクリプトを別のフォームから呼び出そうとすると実行されませんが、同じフォームで呼び出すと実行されます。
Dim JS As New jsEncrypt
JS.WebBrowser.Navigate(New Uri(Environment.CurrentDirectory() & "\web\javascript.html"))
Dim str As String = JS.WebBrowser.Document.InvokeScript("eisu")
Application.Run(JS)
Console.WriteLine(str)