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ここで、csv ファイルにバイナリ隣接行列があります。ここで、0 = 友達ではなく、1 = 友達です。Nathan Yau のすばやく簡単なヒートマップ チュートリアルを使用して、2 色だけでヒートマップを視覚化してみました。以下のコードを使用しました。

> test <- read.csv("/Users/Cindy/Desktop/untitled.csv", sep=",")
> row.names(test) <- test$name
> test <- test[,2:108]
> test_matrix <- data.matrix(test)
> dim(test)
[1] 107 107
> test_heatmap <- heatmap(test_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(2), scale="column", margins=c(10,10))

何らかの理由で、これが発生します:画像を参照してください。

csv ファイルを見ると、ビジュアライゼーションに紫色の四角形がもっとたくさんあるはずで、ビジュアライゼーションには紛らわしい白い線があります。

誰かが何が間違っているのかを理解するのを手伝ってくれたら、とても感謝しています!

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問題は、色の数が非常に少ないため、エントリとして「1」しかないペアのほとんどが、色のしきい値を満たしていないことです。カウントの分布を調べるには、次を試してください。

table(test_matrix)
test_matrix
   0    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15 
9434 2016    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1 
  96   97   98   99  100  101  102  103  104  105  106  107 
   1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1

色の数を増やすと、より有益になります。

test_heatmap <- heatmap(test_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, 
                col = cm.colors(100), scale="column", margins=c(10,10))
于 2013-07-18T22:34:52.030 に答える