python - Python スクリプトを使用して .pdb ファイルを出力するにはどうすればよいですか?

Question

現在、Pythonで .pdb (タンパク質データ バンク) ファイルを操作しています。私の最終目標は、Python スクリプトを pdb ファイルに戻して、VMD または PyMol でシミュレーションを実行できるようにすることです。

Answer 1

このコード例は、あなたが望むことをしているように見えます:

関連する部分は次のとおりです。

import sys
from Bio.PDB import PDBIO
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
PDB_input = sys.argv[1]
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('self', PDB_input)
# DELETED CODE THAN MANIPULATED PDB OBJECT 
w = PDBIO()
w.set_structure(structure)
w.save('corrected_from_CHARMM_to_PDB.pdb')