次のコードで再現可能なforeach
ループを作成する方法を見つけたと思いましたdoSNOW
library(foreach)
library(doSNOW)
library(parallel)
ncores <- 2
cl <- makeCluster(ncores)
registerDoSNOW(cl)
foreach(i=1:ncores) %dopar% {
set.seed(i)
rnorm(1)
}
stopCluster(cl)
foreach ループ内でシードを使用したため、(コンピューター/OS に関係なく) 常に同じ結果が得られます。
[[1]]
[1] -0.6264538
[[2]]
[1] -0.8969145
しかし、randomForest 関数を使用すると、OS によって異なる結果が得られます。
library(foreach)
library(doSNOW)
library(parallel)
library(randomForest)
set.seed(123)
ncores <- 2
cl <- makeCluster(ncores)
registerDoSNOW(cl)
nr <- 1000
x <- matrix(runif(100000), nr)
y <- gl(4, nr/4)
trainX <- x[1:800,]
trainY <- y[1:800]
testX <- x[801:nrow(x),]
testY <- y[801:length(y)]
rf <- foreach(i=1:ncores, ntree=rep(100, ncores), .packages='randomForest', .combine=combine) %dopar% {
set.seed(i)
randomForest(trainX, trainY, ntree=ntree)
}
stopCluster(cl)
pred <- predict(rf, new=testX)
各Windowsコンピューター(2台のWindowsコンピューターを試しました)で
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
次の出力が得られました
table(pred)
1 2 3 4
60 68 72 0
Linuxコンピューターで同じコードを実行します(2台のLinuxコンピューターを試しました)
R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
次の出力が得られました
table(pred)
1 2 3 4
69 58 73 0
foreach ループ内でシードを使用したので、同じ結果が得られるはずだと思っていましたが、同じ OS のコンピューターでは同じ結果しか得られませんでした。これが でのみ発生し、 では発生しないのはなぜrandomForest
ですかrnorm
? doSNOW
Windows コンピューターと Linux コンピューターの間で同じ結果を得るために何かを行うことはできますか? を使用した方が良いことはわかっていますが、可能であれば でdoRNG
同じ結果を得たいと思います...doSNOW