read.table() で読み込んでから列をベクトルとして抽出するか、scan() で抽出できます。
vect <- scan(file="path/to/file1.txt", what=character(0) )
UTF-8 がデフォルトであることはわかっているため、エンコードとして UTF-8 を使用する必要はありませんが、そうするオプションがあります。
vect <- scan(file="path/to/file1.txt", what=character(0), encoding="UTF-8" )
R 3.0.0 の NEWS ファイルには次のように書かれています。
" o readLines() および scan() (したがって read.table()) は UTF-8 ロケールで UTF-8 バイト オーダー マーク (BOM) を破棄するようになりました。このような BOM は許可されていますが、Unicode 標準では推奨されていません。 : ただし、Microsoft アプリケーションはそれらを生成できるため、Web サイトで見つかることがあります。
接続のエンコーディング名「UTF-8-BOM」により、UTF-8 BOM が確実に破棄されます。"
それでは、encoding 引数が必要なのは、UTF-8 以外のロケールにいて教えてくれなかったこと、または古いバージョンの R を使用していたことを示しているのではないでしょうか?