このようなリストのリストのリストがあります
matches = [[['rootrank', 'Root'], ['domain', 'Bacteria'], ['phylum', 'Firmicutes'], ['class', 'Clostridia'], ['order', 'Clostridiales'], ['family', 'Lachnospiraceae'], ['genus', 'Lachnospira']],
[['rootrank', 'Root'], ['domain', 'Bacteria'], ['phylum', '"Proteobacteria"'], ['class', 'Gammaproteobacteria'], ['order', '"Vibrionales"'], ['family', 'Vibrionaceae'], ['genus', 'Catenococcus']],
[['rootrank', 'Root'], ['domain', 'Archaea'], ['phylum', '"Euryarchaeota"'], ['class', '"Methanomicrobia"'], ['order', 'Methanomicrobiales'], ['family', 'Methanomicrobiaceae'], ['genus', 'Methanoplanus']]]
そして、それらから系統樹を構築したいと考えています。私はそのようにノードクラスを書きました(部分的にこのコードに基づいています):
class Node(object):
"""Generic n-ary tree node object
Children are additive; no provision for deleting them."""
def __init__(self, parent, category=None, name=None):
self.parent = parent
self.category = category
self.name = name
self.childList = []
if parent is None:
self.birthOrder = 0
else:
self.birthOrder = len(parent.childList)
parent.childList.append(self)
def fullPath(self):
"""Returns a list of children from root to self"""
result = []
parent = self.parent
kid = self
while parent:
result.insert(0, kid)
parent, kid = parent.parent, parent
return result
def ID(self):
return '{0}|{1}'.format(self.category, self.name)
そして、次のようにツリーを構築しようとします。
node = None
for match in matches:
for branch in match:
category, name = branch
node = Node(node, category, name)
print [n.ID() for n in node.fullPath()]
これは最初の一致では機能しますが、2 番目の一致を開始すると、ツリーの先頭からではなく、ツリーの最後に追加されます。どうすればいいですか?ID の検索でいくつかのバリエーションを試しましたが、うまくいきません。