以下を変更する必要があります
<elor>crap</elor></utha>
に
<elor>crap</elor>
</utha>
これを行うために正規表現を使用したいのですが、アラインメントの不一致を望んでいません（何らかの理由で）、誰かがこれについて editplus3 正規表現を指摘できると助かります。
この質問の範囲を広げましょう。Java DOM API を使用して既存の XML に要素を追加しました。この位置合わせの不一致が発生しているため、このファイルのマージに問題がありました。DOM レベルでアライメントの問題を回避できる場合は、ぜひ試してみてください。