「nlme」パッケージを更新して、gls コマンドの相関に大きな円距離を使用できるようにしようとしています。ここで指定された変更を加えてソース コードを編集しようとしています。
更新されたソース コードを使用してパッケージを再コンパイルする方法がわかりません。.tar.gz 内のソースを編集できますが、ローカル フォルダーからパッケージをインストールしようとすると、次のメッセージが表示されます。
Installing package into ‘C:/Users/HSRG1/Documents/R/win-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
* installing *source* package 'nlme' ...
files 'R/corStruct.R', 'R/gls.R', 'R/lme.R' have the wrong MD5 checksums
** libs
*** arch - i386
ERROR: compilation failed for package 'nlme'
* removing 'C:/Users/HSRG1/Documents/R/win-library/3.0/nlme'
Warning messages:
1: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-30~1.0/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\HSRG1\Documents\R\win-library\3.0" "nlme_3.1-111.tar.gz"' had status 1
2: In install.packages("nlme_3.1-111.tar.gz", repos = NULL, type = "source") :
installation of package ‘nlme_3.1-111.tar.gz’ had non-zero exit status
関数 R/corStruct.R'、'R/gls.R'、'R/lme.R' は、私が編集しようとしている関数です。このエラーが何を意味するのか、特にチェックサムが正しくないことについて少しわかりません (他のエラーが続くと思います)。次のリンクを見つけました: http://r.789695.n4.nabble.com/R-3-0-0-wrong-MD5-checksums-for-Windows-td4663348.html実装されている別の改行コマンドについて説明していますWindowsからコンパイルする場合、ソースには改行宣言がないため、これがどのように関連するか（または解決可能か）はわかりません..明らかに何かが欠けています。
Windows 64 ビット コンピューターを使用しています。他に提供する必要がある情報があればお知らせください。
更新:示唆されているように、ramps パッケージに corRGaus 相関を実装しようとしました。corRGaus 相関を使用しようとすると、次のエラーが発生します。
y = runif(50, 1, 40)
x = runif(50, 1,20)
LC= c(rep(1,25), rep(2,25))
lat = runif(50,-90,90)
long = runif(50,180,180)
fit <- lme(y ~ x,random = ~x|LC, cor = corRGaus(form = ~lat+long))
Error in `coef<-.corSpatial`(`*tmp*`, value = value[parMap[, i]]) :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
In addition: Warning messages:
1: In nlminb(c(coef(lmeSt)), function(lmePars) -logLik(lmeSt, lmePars), :
NA/NaN function evaluation
2: In nlminb(c(coef(lmeSt)), function(lmePars) -logLik(lmeSt, lmePars), :
NA/NaN function evaluation
3: In nlminb(c(coef(lmeSt)), function(lmePars) -logLik(lmeSt, lmePars), :
NA/NaN function evaluation
4: In nlminb(c(coef(lmeSt)), function(lmePars) -logLik(lmeSt, lmePars), :
このエラーの意味も、修正方法もわかりません。
補足として、ランプをインストールした後、R を再起動するまで (ランプ パッケージをデタッチしても) corGaus 相関を使用できなくなりました。