また。
もう一度助けが必要です。
最近では、さまざまなサンプルから系統発生の特徴を推測するために PHYLOCOM ソフトウェアを使用しています。このソフトウェアを使用すると、分析で種が他の集団内でクラスター化または過分散を示しているかどうかを計算できます。入力ファイルとして、NEWICK 形式の系統樹とサンプル ファイル (.txt) が必要です。
2 つのテストを実行しました。1 つは R のツリーを 'ape' パッケージで次のように変更します。
compute.brlen(tree, main=expression(rho==10))
そして、この他の「猿」オプションによるもう1つ：
tree$edge.length = tree$edge.length * 10
最初の変更では、ウルトラメトリック ツリーを使用して出力が生成されますが、2 番目の出力は非ウルトラメトリック ツリーです。その後、PHYLOCOM自体を実行する場合
phylocom comstruct
パラメーターの値だけでなく、意味 p 値でも異なる結果が得られます。
私の質問は、ウルトラメトリックまたは非ウルトラメトリックの入力を使用して、これらの「コンストラクト」分析を正しく行うためにPHYLOCOMを実行する方法を誰かが知っているかどうか、また、これを何らかの方法で実行することと別の方法で実行することの違いは何ですか.
これはstackoverflowフォーラムの「古典的な」質問ではないことはわかっていますが、系統発生を扱っている人なら誰でも助けてくれるかもしれません。
どうもありがとう。